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在高通量蛋白质组学中,蛋白质首先会被酶切为肽段,再通过质谱仪进行检测分析,最后基于对质谱数据的解析完成对肽段和蛋白质的研究。然而,在质谱实验中,并不是所有理论上可能的肽段都能被检测到,造成了质谱数据的随机性和解读上的困难。准确的肽段酶切概率和可检测性预测能够对蛋白质组学的实验设计和数据分析提供有力帮助。
蛋白质在发生翻译后修饰后,理化性质会发生显著改变,从而实现了蛋白质功能的指数级扩增。由于蛋白质上潜在的修饰位点非常多,对修饰进行精确的定位是研究修饰对蛋白功能调控的前提。目前质谱技术是蛋白质修饰研究的主要方法,对质谱数据的开放式搜索会产生大量的候选修饰位点,其假阳性率目前很高。

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