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拟南芥HCN诱导基因AT2G15020的生物信息学分析及功能初探
生物信息学分析 氰化氢 光响应 胁迫适应
2018/11/29
我们前期研究发现拟南芥AT2G15020基因受氰化氢(HCN)显著诱导, 该基因编码一个未知功能蛋白。为探究该基因的功能, 本研究对AT2G15020基因进行了生物信息学分析, 包括同源序列比、启动子分析、蛋白理化性质及蛋白互作预测等。生物信息学分析结果表明, 与该基因同源蛋白均为未知功能蛋白, 但该基因启动子中存在较多光响应元件, 与其互作蛋白也显示其与光响应或光信号调节有关。不同光照强度和盐胁...
通过构建藏红花开花前2 d与开花日两个不同时期柱头的小RNA文库并进行高通量测序, 分别获得3 711 809和2 303 043条序列。借助生物信息学的方法, 共鉴定出164条保守的miRNA。其中, 随开花过程下调表达和上调表达的miRNA分别是71和46条。靶基因预测及功能富集分析显示它们可能参与了硫辛酸生物合成、细胞程序性凋亡、花粉细胞的分化、脱落酸介导的信号途径等生物过程。本文筛选的藏红...
巴西橡胶树α-微管蛋白HbTUA2基因的克隆、表达及生物信息学分析
橡胶树 α-微管蛋白 逆境胁迫 表达分析
2018/12/29
微管蛋白是微管的重要组成部分, 参与维持细胞骨架的稳定及延伸。本研究采用RT-PCR和RACE技术从巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)中克隆到一个α-微管蛋白基因, 命名为HbTUA2 (GenBank登录号: KX809698)。该基因cDNA全长1 940 bp, 其中开放阅读框1 353 bp, 编码含450个氨基酸残基的蛋白质序列。HbTUA2与其他植物TUA蛋白高度同源,...
盐藻CDPK基因的克隆与生物信息学分析
盐藻 钙依赖蛋白激酶(CDPKs) cDNA全长 生物信息学分析
2013/9/4
为了研究CDPK基因的结构和功能,应用RT-PCR和RACE方法从盐藻Dunaliella salina中克隆得到CDPK基因(GenBank登录号为JQ964113),并对其进行生物信息学分析。结果表明:盐藻CDPK基因的cDNA全长3 052bp。5'-UTR长70bp;开放阅读框长1650bp,编码549个氨基酸;3'-UTR长1 332bp。蛋白表现为弱酸性,且稳定、亲水,二级结构中以无规...
慈竹C3H基因克隆及其生物信息学分析
慈竹 C3H基因 克隆 生物信息学分析
2012/3/22
香豆酸-3-羟化酶(C3H)是调控植物木质素生物合成的关键酶，本文以慈竹为材料，利用RT-PCR技术克隆慈竹C3H基因，并对其进行生物信息学分析，为通过基因工程手段降低工业用竹木质素含量奠定基础。结果表明，该cDNA序列全长为1 581 bp，编码区为1 539 bp，编码512个氨基酸，蛋白分子量为58.33KD，等电点为9.09；氨基酸序列和结构分析显示C3H有一个保守区域，即P450结构域。...