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智能医学讲堂 省医站 | 生物信息学在临床科研中的应用（图）
生物信息学 非编码基因 计算机科学
2022/6/22
日前，山东第一医科大学教授、核酸大数据与智慧医学实验室课题组长（PI）孙亮，受邀参加山东第一医科大学附属省立医院（山东省立医院）第七期青年学术沙龙，进行了题为“生物信息学在临床科研中的应用”的精彩讲座，分享了他在生物信息学这个交叉学科领域多年的工作经验和成果进展。
基于GEO芯片数据的肝癌关键生物标志物的筛选与鉴定及生物信息学分析
肝癌 差异表达基因 生物信息学分析
2021/3/22
基于生物信息学分析方法，获取与正常肝组织具有表达差异、且与肝癌患者生存、病理参数密切相关的肝癌基因。方法 通过GEO 数据库获取三组肝癌芯片表达谱，利用GEO2R 鉴定肝癌组织与正常肝组织具有表达差异的基因；应用DAVID 数据库，富集差异表达基因；使用STRING 数据库及Scytoscape 软件，构建核心差异基因的蛋白质互作网络（protein-protein interaction，PPI...
中国科学院上海营养与健康研究所李亦学研究组合作研究肝癌药物基因组学“蓝图”入选2019年度“中国生物信息学十大应用”（图）
中国科学院上海营养与健康研究所 李亦学 肝癌药物 基因组学 蓝图 中国生物信息学
2020/4/26
2020年2月，肝癌药物基因组学“蓝图”，通过《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 简称GPB)组织的领域同行专家评审，成功入选2019年度“中国生物信息学十大应用”。 该工作是由中国科学院生物化学与细胞生物学研究所惠利健团队、中科院上海营养与健康研究所李亦学团队、中国人民解放军海军军医大学张海斌团队和南京大学附属鼓楼医院施...
目的 分别克隆灰毡毛忍冬野生型与湘蕾型ACS3基因，并进行生物信息学和表达模式分析。方法 筛选灰毡毛忍冬转录组数据库中与ACS蛋白同源性较高的Unigene序列，设计引物，利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）及RACE技术对该Unigene进行全长克隆；用生物信息学软件分析蛋白的理化性质、结构域和同源性等特性；借助qRT-PCR检测1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶（ACS3）基因在不同品种、不同花...
目的 从甘草Glycyrrhiza uralensis中克隆1个新的NADPH细胞色素P450还原酶基因（GuCPR，登录号：MH401048）并进行生物信息学分析。方法 提取甘草根部总RNA后逆转录为cDNA，通过转录组数据库筛选得到GuCPR基因全长，利用NCBI ORF finder得到其开放阅读框并翻译得氨基酸序列，设计引物进行PCR扩增，构建克隆重组质粒。利用生物信息分析预测蛋白性质、结...
目的 克隆霍山石斛β-1，4-木糖基转移酶（IRX9）基因，并进行生物信息学、密码子偏性分析。方法 根据霍山石斛转录组数据获得的IRX9基因序列设计特异性引物，通过RT-PCR技术得到IRX9基因cDNA的全长序列，并进行生物信息学分析。结果 霍山石斛IRX9基因全长1 553 bp，包含一个长度为1 047 bp的开放阅读框，编码348个氨基酸，理论相对分子质量为39 350，等电点为7.26，...
has-miR-155-5p靶基因预测及其生物信息学分析
miR-155-5p 靶基因 生物信息学 信号通路
2018/9/21
深入了解miR-155-5p参与的生命过程和疾病类型,为后续的功能研究提供理论依据。对miR-155-5p进行生物信息学分析发现,已知的其成熟序列在不同物种间高度保守；基因本体论(GO)分析发现其分子功能显著富集于杂环化合物结合、核酸结合等,生物学过程主要富集于细胞大分子代谢、生物调节和有机物代谢等；京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现其显著富集于癌症通路、MAPK和FoxO信号通路等。分...
近日，我校高立志教授带领的华南农业大学基因组学与生物信息学研究中心和中国科学院昆明植物研究所植物种质资源与基因组学研究中心联合研究团队，在植物学顶尖期刊Molecular Plant(IF2016=8.8)发表了题为“The Medicinal Herb Panaxnotoginseng Genome Provides Insights into Ginsenoside Biosynthesis ...
福建农林大学生命科学学院蛋白质工程课件第六章 生物信息学在蛋白质工程中的应用。
河北农业大学生物信息学课件 多序列比对和蛋白质结构预测。