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线粒体全基因组揭示中华穿山甲的系统发育关系（图）
线粒体 全基因组 中华穿山甲 系统发育
2023/5/31
中华穿山甲(Manis pentadactyla)是一种极度濒危物种，由于其数量在中国急剧下降，已被禁止进行国际贸易。由于不同的亚种之间形态特征不明显，很难区分，从而使其在法律实施中容易陷入执法困境。为了澄清这种混乱，了解中华穿山甲与其他物种之间的遗传和进化关系，我们测定并注释了中华穿山甲的整个mtDNA基因组。完整的线粒体基因组全长16 573 bp，包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、...
生物多样性与系统发育基因组学团队，负责人：王华锋，教授（破格），博士生导师，南海青年名家，海南省领军人才，崖州湾科技城C类人才，教育部手指柠檬科技小院和海南省科协热带水果产业综合体首席专家，教育部学位论文评估监测专家，美国史密斯学会访问学者。曾先后主持国家自然科学基金面上一项，地区基金两项，青年基金一项，科技部基础科学平台专项一项，海南省重点研发一项，崖州湾科技城菁英人才和南繁专项各一项，科研经费...
2022年5月26日，国际植物学经典期刊《植物杂志》（The Plant Journal）在线发表了安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室夏恩华教授团队题为“Comparative transcriptomic analysis unveils the deep phylogeny and secondary metabolite evolution of 116 Camellia pla...
梓属（Catalpa）是紫葳科（Bignoniaceae）的重要物种，共有11~13个种，多为半常绿或落叶乔木，叶对生或轮生，其中楸、灰楸、滇楸、梓、藏楸原产于我国。楸树是我国传统栽培的优质珍贵用材树种，素有“木王”之美称。梓属由于表型和分子水平研究的缺乏以及序列信息的不足，无法清楚地揭示梓属种间的系统发育关系。
中国科学院水生生物研究所博士生滑聪杰等人通过人工感染实验发现锚头鳋（Lernaea）的形态会随着宿主种类的改变而发生改变。鉴于此，有必要将分子数据也纳入到甲壳动物的系统分类研究中。线粒体基因组具有母系遗传、进化速率快、无旁系同源基因以及几乎不重组等优势，是理想的分子标记。然而，甲壳动物的线粒体基因组数据分布极不均衡，视觉甲壳动物的数据最多（129个，RefSeq数据库，截止2018年1月1日），寄...
近日，西北农林科技大学植物保护学院长翅目昆虫研究团队在蝎蛉科昆虫系统发育研究中取得重要进展，该研究在国际昆虫学TOP期刊《Systematic Entomology》上发表题为“Morphological phylogeny of Panorpidae (Mecoptera: Panorpoidea)”的研究论文。植物保护学院已毕业博士生王吉申为第一作者，花保祯教授为通讯作者。
棉花曲叶病是世界棉花生产上毁灭性病害，已给巴基斯坦和印度等世界主要产棉国造成巨大经济损失。木尔坦棉花曲叶病毒（Cotton leaf curl Multan virus，CLCuMuV）及其伴随的卫星分子复合体是引起该病害主要病原之一，也是我国进境植物检疫性有害生物对象。2006年，广东省农科院植保所蔬菜病害防控研究团队在广东发现木尔坦棉花曲叶病毒侵染朱槿引起曲叶病，这是在我国首次检测到该病毒，引...
豆科系统发育基因组学和根瘤菌固氮共生演化研究获新进展（图）
豆科系统发育 基因组学 根瘤菌固氮 共生演化
2021/3/23
近日，中国科学院昆明植物研究所伊廷双研究员、复旦大学黄建勋副研究员、美国宾夕法尼亚州立大学马红教授等团队共12位研究人员通过国际合作广泛取样、大规模RNA测序或浅层DNA测序，新获得了391个物种的七百多万核基因转录本的序列数据，结合其它已发表的基因序列数据集，覆盖了豆科所有的6个亚科59个族或族级分支的共计463种。基于八个低拷贝直系同源核基因集系统发育分析，得到了高解析和高支持的豆科系统树，解...
中国科学院昆明植物研究所植物多样性与基因组学团队李德铢研究组依托中国西南野生生物种质资源库，选取核心十字花科31族71属199种以及4个未划分至族的属进行全面分析，以该科基部类群岩芥菜族中的三个代表种为外类群，共囊括222个叶绿体基因组数据以及235个核糖体（nr）DNA（其中106个叶绿体基因组数据以及112个nrDNA数据为该研究中新获取）。在基于nrDNA序列进行的系统发育分析中，将核心十字...
川木香属（Dolomiaea DC.）是菊科具重要药用价值的类群，约15种，主要分布于青藏高原包括川、滇、藏部分地区，传统上，根据花柱分枝形态分为川木香组和云香组。本属植物药用活性物质包括倍半萜烯类，三萜类，苯丙素类等。对该类群系统学的研究非常缺乏，遗传资源的缺乏阻碍了对其物种鉴定和保护的研究。
采用PCR及T-A克隆技术，从基因组DNA成功克隆三角鲂、太湖鲂鲌、太湖鲂鲌F2代含完整阅读框的生长激素基因全序列，经测序拼接获得序列全长分别为6009、6042和6058bp，转录单元长分别为2049、2014和2045bp。三种群体的GH基因序列均包括五个外显子、四个内含子及5'侧翼区和3'侧翼区；编码氨基酸序列均为633bp，编码210个氨基酸。对3个目14种鱼类进行同源性及系统发育分析发现...
为了探究东方鲀属内系统发育关系，本研究首次基于群体尺度对东方鲀属物种进行系统发育分析。利用线粒体基因组，在包含10个种的124尾东方鲀中，挖掘了1 488个单核苷酸多态性(SNP)位点和4个插入缺失(INDEL)，使用这些遗传变异位点进行了系统发育及群体遗传学分析。发现网纹东方鲀与铅点东方鲀可能是同种异名，且二者形成的姊妹群位于东方鲀属基部；暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、菊黄东方鲀与双斑东方鲀各自亲缘关...
中国科学院昆明植物研究所植物多样性与基因组学团队伊廷双和李德铢研究组立足国家重大科学工程中国西南野生生物种质资源库，选取代表豆科全部6个亚科和97%族，以及豆目其它3个科的187种（其中151种为新获取）的质体基因组数据进行全面分析。通过对编码区（PC）、非编码区（PN）、编码区和非编码区串联（PCN）3个基本数据集，加上23个派生数据集及6个系统发育信号分析后新建数据集的深入分析，获得了该科具有...
近些年链格孢属真菌的分类有了长足的进展,但柑橘褐斑病和黑腐病的病原却还是存在着一些争议。本研究从中国柑橘果实上收集了49株黑腐病菌菌株,并选取了8株从柑橘叶片上分离的具代表性的褐斑病菌菌株,基于Alta1 、endoPG、LSU、OPA10-2、OPAl-3和OPA2-1 等6个基因位点串联序列构建系统发育树。结果表明,柑橘黑腐病和褐斑病都可由不止一种链格孢菌引起,均以Alternaria alt...
中国科学院水生生物研究所在鲤形目的分子系统发育研究中取得新进展
中国科学院水生生物研究所 鲤形目 分子系统发育
2019/4/11
中国科学院水生生物研究所鱼类系统发育与生物地理学学科组以大量的核基因和线粒体基因为分子标记，对鲤形目进行了较为全面的分子系统发育研究，取得了一系列新进展。（1）更多的研究证据显示了鲤形目鱼类的单系类性，亚口鱼科鱼类是鲤形目的基部类群。鲤超科的单系性得到很高的支持，裸吻鱼科与鲤亚科形成姐妹群；双孔鱼科和鳅超科形成单系群。（2）丰富的化石点校正的分子钟显示鲤形目的起源时间估计在距今1亿9300万年前的...