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华南农业大学夏瑞课题组在The Plant Cell发文解析植物中高度保守的小RNA调控途径（图）
华南农业大学 夏瑞课题组 The Plant Cell 植物 高度保守 小RNA调控途径
2017/7/21
近日，我校亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室夏瑞课题组（园艺学院）与美国唐纳德.丹佛斯植物科学中心的Dr. Blake Meyers研究组合作，在国际知名植物学杂志The Plant Cell（五年累积影响因子：10.529）发表了题为“The emergence, evolution, and diversification of the miR390-TAS3-ARF pathway ...
长链非编码RNA HOTAIR的分析及在黑色素瘤致病过程中互作分子的预测
HOTAIR 生物信息学 黑色素瘤
2017/8/22
旨在通过生物信息学分析，预测与HOTAIR相互作用的转录因子、蛋白质及miRNA，为阐明黑色素瘤致病的分子机理提供研究方向，为设计新的药物提供靶标和治疗黑色素瘤提供理论基础。本试验在UCSC数据库中下载8个物种的HOTAIR序列，通过MEGA4.0构建系统进化树；运用lncRNAtor等数据库对长链非编码RNA HOTAIR的上游调控因子，互作的miRNA及相关蛋白进行分析；利用NONCODE和l...
旨在探究培养液中添加3 mmol·L-1谷胱甘肽（Glutathione，GSH）对牛体外受精胚胎中长链非编码RNA（Long non-coding RNA，lncRNA）表达谱的影响。收集8~16-细胞期和桑椹期的胚胎，构建文库后测序，筛选差异lncRNAs，共表达分析后，获得的差异基因进行GO功能注释和KEGG通路分析；同时对lncRNA进行了顺式作用靶基因的预测及其功能分析；通过荧光定量PC...
非编码RNA对哺乳动物精子发生过程的调控
精子发生 非编码RNA (ncRNAs) 调控作用
2017/11/24
精子发生始于精原干细胞（spermatogonial stem cells, SSCs），SSCs一部分自我更新，另一部分首先分裂形成Asingle（As）型精原细胞，进而形成Aparied（Apr）型精原细胞和Aaligned（Aal）型精原细胞；随后，Aal型精原细胞再发育为A1-A4型精原细胞、中间型精原细胞以及B型精原细胞；B型精原细胞有丝分裂可形成初级精母细胞，经历前细线期、细线期、偶线...
侵染芹菜的甜椒内源RNA病毒鉴定及序列分析
芹菜 病原鉴定 甜椒内源RNA病毒 序列分析
2017/10/19
本试验利用双链RNA(double-stranded RNA, dsRNA)提取技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification，SIA)方法对表现皱缩症状的芹菜进行分子鉴定，发现芹菜被甜椒内源RNA病毒Bell pepper alphaendornavirus (BPEV)所侵染。为进一步明确山西芹菜BPEV分离物(BPEV-QC，GenBank登...
北京大学生命科学学院李毅课题组与中科院遗传发育所曹晓风院士课题组合作，近日在Nature Plants杂志上发表了题为“ROS Accumulation and Antiviral Defence Control in Rice by MicroRNA528”的研究论文。科研人员通过分子生物学、遗传学以及生物信息学等手段，发现了一个单子叶植物特有且能够被病毒侵染所抑制的水稻负调控抗病因子miR52...
冷诱导RNA结合蛋白（CIRP）是NF-κB和ERK信号通路的上游调控因子，而这两条信号通路是甲型流感病毒复制和机体起始免疫所必需的，为探讨CIRP对H1N1甲型流感病毒复制的影响及可能的分子机制，构建了CIRP过表达BHK-21细胞系（Cirp+BHK-21），用Western blot检测NF-кB和ERK1/2的磷酸化水平，研究CIRP对NF-кB和ERK1/2的调节作用；用Real-tim...
基于RNA-Seq筛选鸭肠炎病毒感染鸭脾差异表达免疫相关基因
脾 差异表达 免疫相关基因
2017/4/1
为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus，DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因，本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50 d鸭后，于接种后66、90和114 h采集鸭脾组织样本，提取总RNA，通过高通量RNA-seq技术测序，应用GO和KEGG数据库进行比对注释，并采用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证，结果显示：DEV接种66 h时鸭脾的差异表达基因有511个，参与免疫相...
RNA-seq转录组测序分析不同季节对槟榔江水牛精液品质的影响
RNA-seq 槟榔江水牛 差异表达基因 精液品质
2016/7/26
本研究旨在利用RNA-seq技术对不同季节槟榔江水牛全血mRNA进行分析，找出不同季节精液品质候选基因。选取5头生长状况相近的3~5岁槟榔江水牛，进行春、夏、秋、冬4个季节的精液品质（鲜精活力、精子畸形率、射精量、精子密度）检测。根据精液品质，选取差异极显著的春（BL）、夏（SBL）两个季节的水牛样品进行RNA-seq转录组测序分析。颈静脉采集全血，抽提mRNA并组内混合制样，利用RNA-seq技...
北京林业大学全面解析林木非编码小RNA
非编码小RNA 育种
2016/7/21
北京林业大学张德强团队在前期创制林木基因标记辅助育种理论体系的基础上，首次系统开展了林木非编码小RNA功能进化与等位变异的联合解析工作，并取得系列进展。
非编码RNA在胚胎发育过程中的作用
非编码RNA（ncRNA） 胚胎发育 X染色体失活 性别调控 脑部发育
2017/3/14
胚胎发育是一个复杂的过程，其发生受到了很多转录调控因子的调控。随着高通量深度测序技术的发展，研究发现非编码RNA（ncRNA）对动物胚胎发育、X染色体失活、性别调控、脑部发育都具有十分重要的调控作用。其中，miRNA主要通过与其靶向mRNA的3′UTR结合参与调控胚胎发育的相关基因； lncRNA通过转录干扰或是修饰染色质来调控相关基因从而介导哺乳动物X染色体失活和昆虫W染色体的剂量补偿；piRN...
“稳定性同位素示踪DNA/RNA-SIP与全基因组关联分析技术研讨会暨培训班”在中国科学院南京土壤研究所举行（图）
稳定性同位素示踪DNA/RNA-SIP与全基因组关联分析技术 研讨会 培训班 中国科学院南京土壤研究所
2016/6/7
2016年5月29日至6月2日，“稳定性同位素示踪DNA/RNA-SIP 与全基因组关联分析技术研讨会暨培训班”在中国科学院南京土壤研究所举行。来自国内18所高校和研究机构的83位青年科研人员参加了此次会议。在理论培训会上，James Cole教授以Challenges in Microbiome Analysis为题，系统回顾了组学的发展历史，剖析了组学时代大数据分析面临的技术难点与关键瓶颈，从...
环状RNA(circRNAs)是一类不同于线性RNA的内源非编码RNA，它是通过反向剪接形成的闭合环状RNA分子。circRNA不具有5′端帽子和3′端poly(A)尾巴结构，能够稳定存在于各种类型真核细胞中。对于circRNA的数量和丰度的检测，传统分子生物学方法的能效非常有限，因此一直以来circRNA被认为是RNA异常剪接的产物。随着生物信息学的快速发展和高通量测序技术的不断革新，目前已经在...
本研究旨在探究奶牛变形精子细胞获取方法、建立稳定奶牛精子RNA提取体系及分析单个生精细胞RNA含量变化。采用激光显微捕获技术结合冰冻切片，采集奶牛圆形、长形精子细胞样品，利用附睾尾精子浮游法获得成熟精子，通过对已报道的小鼠、奶牛及人类精子RNA制备方法的尝试和比较，获得RNeasy Kit最佳奶牛精子RNA制备方法，并用PicoPure RNA Isolation Kit对圆形和长形精子细胞进行R...
冷诱导RNA结合蛋白（CIRP）是哺乳动物间高度保守的多功能蛋白，但其在病毒感染中的作用尚不清楚，本研究旨在探讨CIRP对甲型流感病毒感染的应答。用H1N1甲型流感病毒PR-8株滴鼻接种成年BALB/c小鼠，分别于感染后24、48、72、96、120 h随机处死3只，用荧光定量RT-PCR和免疫组化法分别检测小鼠心、肝、脾和肺中CIRP基因和蛋白质的表达水平。基因定量检测结果显示，感染小鼠各被检器...