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发现维生素C可调控甲基化DNA氧化的新功能
维生素C 可调控甲基化 DNA氧化
2023/8/19
研究团队发现Vc可显著增强DNA羟化酶Tet(ten eleven translocation)氧化5-甲基胞嘧啶的活性,进而促进DNA去甲基化作用。该研究第一次建立了Vc、Tet 和DNA 甲基化调控之间的直接联系,证明了维生素C可以调控哺乳动物的DNA修饰,并可解释维生素C 促进诱导全能干细胞(iPSC)转化的作用机制。研究成果于2013年6月14日发表于国际著名化学期刊《Journal of...
作为中心法则的初始一环，DNA复制是最基本最重要的细胞生物过程之一。DNA复制紊乱所产生的缺陷会导致细胞基因组不稳定性，威胁生物个体的生长、发育甚至正常存活(O’Donnell et al., 2013)。关于真核生物的DNA复制分子机制的研究不仅有助于理解这个最重要的生物过程，而且能为复制缺陷导致的衰老以及癌症等疾病的分子病理研究提供理论指导，及其诊断和治疗提供新方案。目前关于真核生物DNA复制...
DNA加合物损伤可以由多种外源因子诱导产生，包括阳光中的紫外线、顺铂等化疗药物、香烟和汽车尾气中的苯并芘以及来自霉变食物的黄曲霉素B1等。它们会干扰DNA复制和转录，诱导突变和细胞死亡，最终导致癌症及其它疾病。
MethBank是一个综合性的DNA甲基化数据库，自2014年上线以来，一直致力于整合多物种高质量的全基因组单碱基精度DNA甲基化数据，因其高质量的数据资源、直观的可视化展示和友好的操作页面被领域内科研人员广泛使用。
DNA是生物、医学、信息等多学科的底层研究材料。近年来，生物技术和信息技术的快速发展及交叉融合，对人工合成的DNA材料提出了更高的要求。然而，现有的DNA制备技术难以从纯度、产量、长度和序列自定义等方面满足科研及商业需求。
在人工合成DNA时，可通过引入多种疏水性官能团修饰，如卟啉、胆固醇、偶氮苯、乙基硫代磷酸酯等，使得DNA由亲水性分子转变为水油两亲性分子，从而拓展DNA自身及与其它生物分子间的相互作用。然而，疏水性修饰易于诱发DNA随机聚集，如何控制两亲性DNA分子的相互作用一直是一个难题。
蛋白质分子机器在生命活动中起着至关重要的作用，其行使功能过程中结构是高度动态的。传统的结构解析方法对于解决动态结构有一定的局限性，单分子方法能够以高时空分辨率实时追踪受热涨落影响的生物大分子的动力学过程。
DNA聚合酶分子马达精确动态工作机理研究取得进展（图）
DNA聚合酶分子 马达 确动态工作机理
2023/1/6
从细胞最基本的各种功能原件开始，精确认识其动态工作机理，是认识生命、有效干预生命过程具备基本意义的第一步。伴随冷冻电镜技术的突破，蛋白质静态晶体结构目前能够高效获取，为突破生命科学认知局限提供了巨大便利。之后，解析蛋白质分子内部复杂部件的动态反应机理，是生命科学未来亟需突破的难题。其中，DNA/RNA聚合酶等马达分子精确动态工作机理的明晰，将为高效研发控制病毒复制的有效药物提供可行前提。遗憾的是，...
转录调控蛋白质机器由转录因子（transcirption factor，TF）、转录辅助因子（transcirptional coregulator， TC）等构成，其在几乎所有生物学进程（如分化、发育、细胞周期控制和细胞凋亡等）中都发挥着关键作用。基因的转录过程依赖于转录调控蛋白质机器与DNA结合并行使相应功能，二者的结合是基因启动转录的前提。真核生物基因组中的染色质有一些区域经染色质重塑后呈现...
DNA是由脱氧核糖核苷酸组成的大分子聚合物，具备较好的稳定性和可编程性，已被广泛作为一种通用型生物材料用于构建各式各样具有精确尺寸和特定形状的纳米结构。另一方面，自上世纪90年代以来，生化学家发现DNA像RNA和蛋白质一样具备酶活性，可催化一系列化学反应，包括在特定位点切割DNA或RNA。当结构和酶这两种不同类型的DNA相遇时产生了一系列火花，一些新的研究领域有望因此而诞生。
浙江大学生命科学研究院2021年8月17日宋海卫和黄俊课题组在Cell Discovery上合作发表论文解析了INTS3/INTS6蛋白质复合物参与DNA损伤修复的分子与结构基础（图）
宋海卫 黄俊 蛋白质复合物 基因
2022/10/25
2021年8月17日，浙江大学生命科学研究院宋海卫课题组和黄俊课题组合作在Cell Discovery上发表了题为“Crystal structure of the INTS3/INTS6 complex reveals the functional importance of INTS3 dimerization in DSB repair”的研究论文。该论文在分子水平上揭示了INTS3的二聚化...
神秘蛋白质可使人类DNA形态演变成不同结构（图）
DNA形态 蛋白质 凝缩素 细胞核
2022/1/27
北京时间6月9日消息，人类和蚊子的细胞核都具有自己的形状，目前，研究人员发现这两种生物DNA变体非常微妙，可以转化为不同形态，甚至能使人类DNA结构像蚊子DNA一样。
当前，单链DNA序列的体外获取严重依赖于固相化学合成，其技术上已非常成熟，但依然具有明显的局限性。比如，化学合成DNA的产率随着序列长度的增加而显著降低，当超过200个碱基时，化学合成得到的DNA不仅产率/量低下，而且成本较高。换言之，化学合成长单链DNA的性价比很低，该缺点严重限制了很多基于长单链DNA序列的下游生物技术的应用，如长单链DNA模板介导的基因敲入、基于长单链DNA锁式探针的长程测序...
近15年来，作为构建DNA纳米组装体的主要方法之一，DNA折纸术(DNA origami)可使得一条长单链DNA在成百或千条短链DNA的辅助下, 通过碱基互补配对原则折叠并锁定生成所设计的纳米图案，它的出现极大地推动了DNA纳米技术领域的发展。单链DNA折纸术(single-stranded DNA origami)是传统DNA折纸术的一种进化和衍生，它摒除了对众多短序列的需求，通过高度集成序列信...
