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基因表达的精准调控，对机体发育和细胞的各种生理功能的维持至关重要。基因表达的紊乱，则影响着众多的生理和病理过程。转录是基因表达调控最关键的步骤，因此转录调控机制的研究一直是分子生物学的核心课题。真核生物大多数基因的转录主要分为转录起始（initiation）、暂停（pausing）、延伸（elongation）和终止（termination）四个步骤，每个步骤都涉及到RNA聚合酶II（Pol II...
Cas12a属于II类V-A CRISPR系统，它是用CRISPR RNA (crRNAs)编程，通过RuvC结构域特异性识别和切割dsDNA或单链DNA (ssDNA)。Cas12a在识别其目标dsDNA时，可以释放单链脱氧核糖核酸酶(ssDNase)活性，不加区分地切割附近的ssDNA(即反式切割)。基于 CRISPR/Cas12a 系统的传感方法在恒温条件下就可以进行，不需要很高的温度，在一...
2021年5月11日，Cell Reports在线发表了上海交通大学医学院上海市免疫学研究所黄传新课题组的研究论文，论文题目为“Bach2 attenuates IL-2R signaling to control Treg homeostasis andTfr development”。该研究发现在Treg中，转录因子Bach2能够直接抑制CD25(IL-2Rα)削弱IL-2R信号通路，调控调节...
发生在基因启动子区的转录起始过程是基因表达调控的核心，决定着细胞的命运，影响众多生理病理过程。以RNA聚合酶II（Pol II）为核心的转录前起始复合物（preinitiation complex，PIC），识别几乎所有编码基因和大部分非编码基因的启动子区，响应各种转录调控信号，起始基因转录。在今年4月初，复旦大学生物医学研究院徐彦辉团队在Science杂志报道了包含TFIID的转录前起始复合物结...
以人类为代表的高等生物，进化出复杂的基因表达调控机制，利用同一套基因组遗传信息，分化出数百种不同的细胞类型，以适应对复杂生长发育过程的需要。转录起始过程发生在几万种不同基因的高度多样化的启动子区。围绕这些启动子区，人体细胞产生极其复杂和精细的调控，如染色质重塑复合物BAF/PBAF剔除核小体暴露出启动子DNA使转录发生，组蛋白修饰和DNA甲基化修饰动态调控转录因子和转录共激活因子招募，3D基因组背...
在真核生物中，三种结构保守的RNA聚合酶（Pol I，Pol II和 Pol IIII）分别介导不同基因的转录，合成不同类型的RNA。Pol I 定位在细胞核核仁中，主要转录rRNA；Pol II、Pol III均位于细胞核核质中，其中Pol II负责转录合成mRNA， Pol III负责转录合成tRNA、5S rRNA、U6 RNA等其他非编码小RNA。Pol III是真核生物中组成最为复杂的聚...
新型冠状病毒肺炎（COVID-19）已经成为人类有史以来影响面最广的感染性疾病，目前全球感染人数已超过一亿人，死亡病例已超过两百万人，并深刻的影响到了全世界。上海市免疫学研究所在新冠疫情爆发之初组建了新冠病毒的应急公关团队开展新冠免疫学相关的研究，并积极参与由北京大学张泽明教授牵头，我国四十多家医院大学和研究机构自发组建的“新冠肺炎单细胞研究中国联盟(Single Cell Consortium ...
曹济民教授团队在《Nature Cell Biology》发文：首次弥合转录不依赖的氧化还原振荡节律和依赖于转录的转录翻译负反馈环路（TTFL）机制的鸿沟（图）
曹济民教授 细胞生理学 重点实验室
2023/12/21
山西医科大学基础医学院细胞生理学教育部重点实验室曹济民教授与中国医学科学院基础医学研究所刘德培院士团队合作，在国际著名期刊《Nature Cell Biology》（中科院期刊分区1区Top，影响因子：20.042）发表了题为《Diurnal oscillations of endogenous H2O2sustained by p66Shc regulate circadian clocks》（...
细胞的命运决定受到转录因子与表观遗传因子的协同调控，例如胚胎干细胞的多能性维持，既需要关键转录因子的正确结合（如OCT4, SOX2, NANOG等），又需要对启动子和增强子活性的精确调控，两者密不可分。它们如何协同作用是亟需解决的科学问题。基因的启动子、超级增强子和过度活化的增强子上，都会有组蛋白甲基化H3K4me3及附近的H3K4me1的共同存在。那么这两种甲基化状态，到底是不同的甲基化酶催化...
梨Trihelix转录因子家族成员鉴定及表达分析
梨 Trihelix转录因子 比较基因组学 表达分析 木质化
2021/4/25
Trihelix转录因子可以和光应答相关的GT元件结合，因此又称GT转录因子。本研究从梨基因组中鉴定出16个Trihelix家族基因，依次命名为PbGT1 ~ PbGT16，从同属于蔷薇科的草莓和桃基因组中分别鉴定出11和16个Trihelix家族基因。染色体定位与基因复制事件分析表明，梨、草莓和桃Trihelix家族成员分别分布在12、6和8条染色体上，且梨Trihelix家族存在片段复制事件。...
中华绒螯蟹MSTN基因同义突变对基因转录、翻译效率的影响
中华绒螯蟹 肌肉抑制素基因 同义突变 基因功能
2021/2/3
为分析同义突变对基因转录、翻译的影响，本研究应用定点突变、体外转录和过表达等方法对中华绒螯蟹MSTN (Es-MSTN)基因中发现的五个SNP同义突变位点：SNP1(T/C)、SNP2(T/C)、SNP3(T/C)、SNP4(A/G)、SNP5(T/G)，及其对应的12种基因型组合(GC、AT、1T、2T、3T、4A、5T、1C、2C、3C、4G、5G)进行了转录和翻译水平的研究。结果发现：12种...
水稻分蘖期氮素应答的转录组动态分析
水稻 氮素 转录组 分蘖期
2021/3/31
氮素是水稻生长发育必需的大量营养元素，通过探索水稻分蘖期对氮的转录响应，筛选氮素应答基因用于培育氮素利用率高的水稻品种，同时为水稻的精准栽培提供转录组学指导。以五优稻4号为材料，于施氮后7，14，21 d分别收获了五优稻4号叶片，并进行动态转录组分析。氮素处理使分蘖期水稻叶片颜色加深，并检测到3 870个差异表达基因（DEGs）。GO分析显示，这些基因主要参与了代谢过程、细胞过程、细胞组分、催化活...
本试验旨在研究金银花提取物对热应激奶牛生产性能、抗氧化性能、内分泌和免疫功能以及肝脏转录组的影响，以揭示金银花提取物缓解奶牛热应激的分子机制。试验选取胎次、产奶量和泌乳日龄相近的泌乳中期荷斯坦奶牛6头，随机分为2组，每组3头。对照组（CON组）饲喂基础饲粮，不添加金银花提取物；金银花提取物组（LJE组）在基础饲粮中添加28 g/d金银花提取物。预试期2周，正试期8周。试验期间，奶牛所处环境的平均温...
探究微小的RNA-335-5p（miR-335-5p）和激活转录因子2（ATF2）在宫颈癌中的表达中，以及与宫颈癌患者临床病理特征的关系。方法： 选取2017年8月至2019年10月在本院进行手术治疗的72例宫颈癌患者作为实验组，同时进行手术治疗的65例子宫肌瘤患者作为手术组，手术切除的宫颈癌组织和子宫肌瘤患者采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测miR-335-5p，ATF2 mRNA，基...