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发现维生素C可调控甲基化DNA氧化的新功能
维生素C 可调控甲基化 DNA氧化
2023/8/19
研究团队发现Vc可显著增强DNA羟化酶Tet(ten eleven translocation)氧化5-甲基胞嘧啶的活性,进而促进DNA去甲基化作用。该研究第一次建立了Vc、Tet 和DNA 甲基化调控之间的直接联系,证明了维生素C可以调控哺乳动物的DNA修饰,并可解释维生素C 促进诱导全能干细胞(iPSC)转化的作用机制。研究成果于2013年6月14日发表于国际著名化学期刊《Journal of...
MethBank是一个综合性的DNA甲基化数据库，自2014年上线以来，一直致力于整合多物种高质量的全基因组单碱基精度DNA甲基化数据，因其高质量的数据资源、直观的可视化展示和友好的操作页面被领域内科研人员广泛使用。
DNA是生物、医学、信息等多学科的底层研究材料。近年来，生物技术和信息技术的快速发展及交叉融合，对人工合成的DNA材料提出了更高的要求。然而，现有的DNA制备技术难以从纯度、产量、长度和序列自定义等方面满足科研及商业需求。
在人工合成DNA时，可通过引入多种疏水性官能团修饰，如卟啉、胆固醇、偶氮苯、乙基硫代磷酸酯等，使得DNA由亲水性分子转变为水油两亲性分子，从而拓展DNA自身及与其它生物分子间的相互作用。然而，疏水性修饰易于诱发DNA随机聚集，如何控制两亲性DNA分子的相互作用一直是一个难题。
转录调控蛋白质机器由转录因子（transcirption factor，TF）、转录辅助因子（transcirptional coregulator， TC）等构成，其在几乎所有生物学进程（如分化、发育、细胞周期控制和细胞凋亡等）中都发挥着关键作用。基因的转录过程依赖于转录调控蛋白质机器与DNA结合并行使相应功能，二者的结合是基因启动转录的前提。真核生物基因组中的染色质有一些区域经染色质重塑后呈现...
DNA是由脱氧核糖核苷酸组成的大分子聚合物，具备较好的稳定性和可编程性，已被广泛作为一种通用型生物材料用于构建各式各样具有精确尺寸和特定形状的纳米结构。另一方面，自上世纪90年代以来，生化学家发现DNA像RNA和蛋白质一样具备酶活性，可催化一系列化学反应，包括在特定位点切割DNA或RNA。当结构和酶这两种不同类型的DNA相遇时产生了一系列火花，一些新的研究领域有望因此而诞生。
神秘蛋白质可使人类DNA形态演变成不同结构（图）
DNA形态 蛋白质 凝缩素 细胞核
2022/1/27
北京时间6月9日消息，人类和蚊子的细胞核都具有自己的形状，目前，研究人员发现这两种生物DNA变体非常微妙，可以转化为不同形态，甚至能使人类DNA结构像蚊子DNA一样。
当前，单链DNA序列的体外获取严重依赖于固相化学合成，其技术上已非常成熟，但依然具有明显的局限性。比如，化学合成DNA的产率随着序列长度的增加而显著降低，当超过200个碱基时，化学合成得到的DNA不仅产率/量低下，而且成本较高。换言之，化学合成长单链DNA的性价比很低，该缺点严重限制了很多基于长单链DNA序列的下游生物技术的应用，如长单链DNA模板介导的基因敲入、基于长单链DNA锁式探针的长程测序...
近15年来，作为构建DNA纳米组装体的主要方法之一，DNA折纸术(DNA origami)可使得一条长单链DNA在成百或千条短链DNA的辅助下, 通过碱基互补配对原则折叠并锁定生成所设计的纳米图案，它的出现极大地推动了DNA纳米技术领域的发展。单链DNA折纸术(single-stranded DNA origami)是传统DNA折纸术的一种进化和衍生，它摒除了对众多短序列的需求，通过高度集成序列信...
环状单链脱氧核糖核酸（circular ssDNA）在分子生物和DNA纳米技术等领域扮演着重要的角色，如作为滚环扩增的必备模板、DNA拓扑结构的构成单元等。目前常用的依赖于T4 DNA连接酶制备环状单链DNA的方法容易产生多聚体副产物，导致单体环产率低；而现有的基于CircLigase（一种单链环化酶）制备环状单链DNA的方法虽然可一定程度上减少副产物，但是随着底物DNA链长度的增大，CircLi...
一种蚜茧蜂基因组DNA提取方法
蚜茧蜂 基因组DNA DNA提取 PCR
2018/6/6
为有效获得蚜茧蜂基因组DNA，并保留其虫体做形态鉴定。本文对常规试剂盒提取方法（柱离心法）进行改进，采用穿刺法提取7种蚜茧蜂的基因组DNA，同时以研磨法提取4种常见蚜茧蜂成虫基因组DNA做对照，比较两种方法提取的基因组DNA的纯度和产量，并通过线粒体COI基因序列扩增进行验证。结果表明：穿刺法能从单头蚜茧蜂中提取DNA而不影响形态鉴定。该方法提取的DNA产物产量在29~55 ng/μL，提取物的O...
探讨血清S-腺苷甲硫氨酸(SAM)/S-腺苷同型半胱氨酸(SAH)比值在同型半胱氨酸(Hcy)致载脂蛋白E基因敲除(ApoE―/―)小鼠血管动脉粥样硬化(As) B1重复序列DNA甲基化改变中的作用。方法 36只饲养4周龄ApoE―/―小鼠,随机分为三组:模型对照组、高蛋氨酸组、叶酸＋VitB12干预组,每组12只,分别给予不同饮食；另取健康4周龄雄鼠(SPF级C57BL/6J) 12只作为正...
Regulocator: A Novel Method for the Identification of Conserved Elements in Genomic DNA
ReguLocator DNA Conserved Elements
2015/5/26
The process of generating RNA message from a gene is termed "transcription," and is performed by aptly named "transcription factors." These transcription factors can function singly or in conjunction ...
Abstract
Timothy E. Breen Ph.D.
A DATABASE FOR NUCLEAR RECEPTOR DNA BINDING SITES
A database has been developed for nuclear receptor DNA binding sites and the corresponding nuclear receptor DNA ...
The influence of the Ku80 carboxy-terminus on activation of the DNA-dependent protein kinase and DNA repair is dependent on the structure of DNA cofactors
DNA-PK Ku70/80 Ku80 Carboxy Terminus
2015/5/25
In mammalian cells DNA double strand breaks (DSBs) are highly variable with respect to sequence and structure all of which are recognized by the DNA- dependent protein kinase (DNA-PK), a critical comp...