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为明确烟草中Nt14-3-3基因家族的功能，采用同源克隆的方法，在烟草品种K326中克隆到1个14-3-3蛋白基因Nt14-3-3，并进行了生物信息学分析。运用qRT-PCR技术，对该基因非生物胁迫处理烟草幼苗后的表达特性进行了分析。结果显示，该基因序列全长783 bp，编码260个氨基酸残基。Nt14-3-3蛋白是由9个α螺旋组成的球状蛋白，含有32个磷酸化位点。组织表达分析发现，该基因在烟草根...
烟草抗番茄斑萎病毒基因筛选与生物信息学分析
烟草 番茄斑萎病毒 抗性基因 生物信息学分析
2019/3/7
通过同源克隆的方法在TSWV高感烟草品种NC89、TSWV耐病烟草品种中烟100中分别克隆出一个疑似抗番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus, TSWV)的基因，分别命名为NtSw-5NC89和NtSw-5zy100。序列分析表明，NtSw-5NC89长3819bp，包含1个完整的读码框，编码1273个氨基酸，理论等电点和相对分子质量分别为5.64和147529.5Da；...
烟草基因组学研究方法篇:6.生物信息学在烟草基因组研究中的应用
烟草 基因组 生物信息学
2015/8/25
生物信息学是随着基因组测序数据迅猛增加而产生的一门新兴学科。人类基因组计划的顺利完成和新一代测序技术的发展推动了更多动植物基因组测序计划的开展。所产生的海量生物学数据需要通过数据分析和处理得到有用的信息,揭示其所隐藏的生物学内涵。生物信息学正是为迎接这一严峻挑战而发展起来的一门交叉学科。
线粒体基因异常可能导致烟草细胞质雄性不育。sdh3、sdh4是编码线粒体电子传递链复合体II 亚基的重要基因,为探讨线粒体基因sdh3、sdh4与细胞质雄性不育的关系,从3 个普通烟草不育系品种及其保持系中提取线粒体DNA,根据GenBank 报道的烟草线粒体DNA 序列设计特异引物扩增目的基因并克隆测序,应用生物信息学方法,分析烟草雄性不育系及保持系的sdh3、sdh4基因在其核苷酸、编码蛋白各...
转基因作物标记蛋白潜在致敏性的生物信息学预测
遗传转化 标记蛋白 致敏性 生物信息学
2010/12/6
转基因作物表达的标记蛋白带来潜在致敏性顾虑。根据FAO/WHO决策方案，使用SDAP、Farrp和NCBI三大数据库对GUS、NptII和OPH的潜在致敏性进行评估。在线Blast或Fasta发现，OPH、GUS和NptII全序列或连续80 aa的匹配性皆不存在致敏性可能。连续6 aa比对中，OPH有2个片段与大豆、小麦和橡胶树的前纤维蛋白或德国蟑螂过敏原相关蛋白存在序列一致；GUS有1个片段与埃...
利用烟草基因组数据和RT-PCR技术从Nicotiana tabacum L中克隆出1个新型NAC转录因子新成员——NtNAC1，并用多种生物信息学软件对其理化性质、高级结构及其生物学功能进行了分析与预测，结果表明：NtNAC1编码1个由238个氨基酸残基组成的相对分子质量为27.845 kD的NAC转录因子，推测其可能作为1种与能量代谢相关的调控酶参与植物的调节作用。
生物信息学在脑疾病研究中的应用
生物信息学 脑疾病 生物学标记 系统生物学
2009/11/27
随着脑疾病相关的各种大规模生物学数据的产生，生物信息学的研究方法与策略正开始深入到脑疾病研究的各个层面，并取得了很多振奋人心的科研成果；同时，不断涌现的各种脑疾病全基因组数据也从生物信息学计算理论与方法层面上对信息科学以及系统科学提出了巨大的挑战。本文分别从基因组、转录组及蛋白质组、表型组以及交互作用组等不同层次总结阐述生物信息学在脑疾病研究中的具体应用。
生物信息学中的学习问题
机器学习 生物信息学 计算生物学 系统生物学
2009/11/17
生物信息学是结合了信息科学和生命科学的一门交叉学科，兴起于人类基因组计划.随着人类基因组计划的完成与深入，生物信息的研究工作由原来的计算生物学时代进入后基因组时代，后基因组时代中一个最重要的分支就是系统生物学.本文从信息科学的视角出发，详细论述了机器学习方法在计算生物学和系统生物学中的若干应用.
生物信息学双序列比对算法加速器设计与实现
双序列比对 现场可编程门阵列 硬件加速
2009/11/4
双序列比对算法是进行生物信息学研究的基础算法。在FPGA上实现大规模脉动式阵列对双序列比对算法进行加速能够大幅度提高比对的效率。然而现有的设计方法在比对序列长度较短的情况下，处理单元利用率很低；在序列的长度较大时，需要占用大量的片内存储资源。通过将两条序列同时送入阵列进行比对减少比对时间。将比对数据送入外部存储器，优化比对过程中的数据存储调度，有效降低了对片内存储器的需求。以Smith-Water...
智能方法在生物信息学中的应用研究
基因芯片 识别 点阵仪控制软件 序列分析
2008/11/28
采用智能方法力求生物信息学中的急待解决的问题，完成了工作：提出了一种基因芯片杂交反应的自动识别方法；设计了基因芯片微点阵仪控制系统，提出了点阵路径的优化算法，实现自动生成点阵最优路径，提高了点阵仪工作速度；提出了有针对性的联机分析处理实现方案，被视为OLAP技术在生物信息学中的成功探索；对氨基酸序列的聚类问题，提出了基于中心方K法的解决方案。是将数据挖掘应用于生物信息学方面的一次有益探索。在基因芯...