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上海药物所开展卤键对蛋白质结构稳定性及其与多肽结合影响的计算研究（图）
蛋白质结构 多肽结合 量子化学
2024/4/14
2024年3月19日，中国科学院上海药物研究所朱维良/徐志建团队基于数据库统计分析，并结合量子化学计算和分子动力学模拟对蛋白/多肽中的卤键进行了研究，发现在蛋白-多肽相互作用界面的卤键可以增强它们的结合亲和力，蛋白内部形成的分子内卤键有助于提高蛋白质的结构稳定性，而对于不能形成分子内卤键的蛋白质则会导致其结构稳定性降低。该研究成果以题为“Impact of Halogen Bonds on Pro...
蛋白质结构预测模型再升级，解锁新功能直接作用药物设计
蛋白质 药物设计 生物分子 阿尔法折叠
2023/11/7
在蛋白质和药物的相互作用中，两者形状构象都在发生变化，传统方法很难对两者可能产生的协同变化进行预测，但新模型有可能做到。
近日，中国科学院精密测量科学与技术创新研究院研究员李从刚团队以高灵敏的19F化学标记方法，结合电穿孔递送技术，实现了人源细胞内6-40 kD的结构蛋白观测，其检测浓度低至1.0 μM，接近了部分蛋白质的生理浓度。相关研究成果发表在《德国应用化学》（Angew. Chem. Int. Ed.）上。
2023年4月3日，精密测量院李从刚研究团队，以高灵敏的19F化学标记方法，结合电穿孔递送技术，实现了人源细胞内6-40 kD的结构蛋白观测，其检测浓度低至1.0 μM，接近了部分蛋白质的生理浓度。相关研究成果发表于《德国应用化学》（Angew. Chem. Int. Ed.）。
2023年4月3日，精密测量院李从刚研究团队，以高灵敏的19F化学标记方法，结合电穿孔递送技术，实现了人源细胞内6-40 kD的结构蛋白观测，其检测浓度低至1.0 μM，接近了部分蛋白质的生理浓度。相关研究成果发表于《德国应用化学》（Angew. Chem. Int. Ed.）。
大连化学物理研究所利用自主搭建的质谱仪器研究蛋白质结构（图）
质谱仪器 蛋白质结构 氨基酸侧链
2023/4/14
近日，大连化学物理研究所生物分子结构表征新方法研究组(1822组)王方军研究员、刘哲益副研究员团队与西南交通大学封顺教授团队合作，利用自主搭建的高能紫外激光解离—串联质谱仪器，揭示了质子化氨基酸侧链的正电荷在电喷雾离子化过程中影响蛋白质结构的分子机制，为质谱精确表征蛋白质高级结构提供了参考。
2023年1月，中国科学院大连化学物理研究所生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员、刘哲益副研究员团队与西南交通大学封顺教授团队合作，利用中国科学院大连化学物理研究所自主搭建的高能紫外激光解离—串联质谱仪器，揭示了质子化氨基酸侧链的正电荷在电喷雾离子化过程中影响蛋白质结构的分子机制，为质谱精确表征蛋白质高级结构提供了参考。
科技日报北京2022年1月17日电 （记者张梦然）美国罗格斯大学领导的团队在探究生物学中最深刻的未解问题之一时，发现了可能导致古代地球原始汤中生命起源的蛋白质结构。该研究近日发表在《科学进展》杂志上。
从预测进化 AI能“构想”新蛋白质结构
AI 新蛋白质 结构
2021/12/9
半个世纪以来，科学家一直在寻找解决“蛋白质折叠问题”的方法。这是生物学领域的一项重大挑战，难倒了几代科学家。但现在，人工智能（AI）解决了这一问题。据《自然》杂志1日发表的论文，包括美国华盛顿大学、伦斯勒理工学院和哈佛大学的研究人员在内的研究小组描述了一种升级的阿尔法折叠系统，该系统由深度思维（DeepMind）公司开发，会“构想”出具有稳定结构的新蛋白质。
继2021年9月联合华为云发布蛋白质多序列比对开源数据集后，北京大学化学与分子工程学院、北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、昌平实验室、深圳湾实验室高毅勤课题组在蛋白质结构预测领域再次取得突破性进展。近日，他们联合华为昇思MindSpore团队推出了基于AlphaFold2算法的蛋白质结构预测推理工具，相关模型代码依托于华为全场景AI计算框架MindSpore进行开源开放、定期扩展与维护...
继去年在第14届“蛋白质结构预测关键评估大赛（CASP14）”中揭晓了其新开发的人工智能模型AlphaFold，并承诺会分享该方法，为科学共同体提供广泛、免费的获取途径之后，位于英国伦敦、由人工智能程序师兼神经科学家Demis Hassabis等人联合创立的人工智能前沿企业——DeepMind公司的研究人员近日在《自然》上发表论文，将AlphaFold2开源。AlphaFold2能以就计算机方法而...
南极磷虾羧肽酶的适冷特性及蛋白质结构预测
南极磷虾 羧肽酶 适冷性 蛋白质结构预测
2020/11/19
研究南极磷虾羧肽酶的适冷特性，探讨其在催化反应过程中应对低温环境的机理，对酶类分子改造等基础学研究及实际生产应用具有一定意义。本研究首先比较了南极磷虾羧肽酶及牛(胰)羧肽酶的动力学，对其适冷性进行了分析，接着采用生物信息学方法，对其理化性质和氨基酸序列进行比对，并进行二级、三级结构预测，对南极磷虾羧肽酶的结构与适冷性关系进行探讨。结果显示，在4和30 °C下，南极磷虾羧肽酶催化效率及对底物的亲和性...
一项革命性的蛋白质三维形状测定技术正在蓬勃发展。上周，一个收集由冷冻电子显微镜（cryo-EM）测定的蛋白质和其他分子结构的数据库，获得了第10000个数据条目。据《自然》报道，近年来，各实验室向电子显微镜数据库（EMDB，由欧洲生物信息研究所建立，旨在满足学术界对于冷冻电镜数据的需求）提交的数据呈指数级增长，这主要因为全世界实验室cryo-EM数量的爆发式增长。尽管数据库也接收其他电子显微镜结构...
近期，中科院高能所蛋白质结构组在疱疹病毒和流感病毒研究领域获得重要进展，研究成果分别发表于国际学术期刊PLoS Pathogens和Nature Communications。卡波氏肉瘤病毒 (KSHV)，是一种重要的人类肿瘤病毒，能导致卡波氏肉瘤和B细胞淋巴瘤等恶性肿瘤。ORF57蛋白在病毒复制过程中能稳定病毒转录的信使RNA从而促进病毒复制，是病毒裂解复制过程中的重要功能蛋白。ORF57蛋白半...