搜索结果: 1-15 共查到“化学 动力学模拟”相关记录124条 . 查询时间(0.248 秒)
采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法，结合分子力学-广义玻恩表面积（MM-GB/SA）方法进行自由能计算和结构交互指纹分析，研究了模拟过程中非特异性底物（对氧磷/内酯）分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶（SsoPox）野生型和突变体（W263F/W263T）结合的构象变化，分析了Loop8中重要残基Trp263的突变提高SsoPox非特异性底物活力的原因，发现其能够影响门控残基Phe229的构象变...
利用广义指数模型描述软胶体粒子，结合分子动力学模拟研究软胶体粒子形成束晶的动力学过程.通过等温压缩和等密度降温2个不同的过程，研究了束晶形成过程中结构变化特征和动力学路径对结构的影响规律.研究发现，与蒙特卡洛模拟结果相比，分子动力学模拟得到的结构随着密度的变化有明显的迟滞现象，这是由于考虑了真实的动力学因素引起的差异.此外，在相同温度和压力下通过不同的动力学路径得到的相结构不完全相同，这是由于动力...
分子动力学模拟研究Fedratinib-JAK2/JAK3选择性
JAK2抑制剂 选择性 分子动力学 自由结合能
2019/1/15
通过动力学模拟获得JAK2高选择性抑制剂Fedratinib在JAK2和JAK3激酶中的结合构象，结合自由能的计算结果表明Fedratinib在JAK2中更稳定.将能量分解到结合位点氨基酸，分析发现当分子在JAK2中占据P-loop区的疏水口袋，并与附近Arg980和Asp994等氨基酸形成氢键时，可以增加相对于JAK2的选择性.
分子动力学模拟烷烃混合物在石墨烯表面取向
烷烃混合物 取向 石墨烯 分子动力学模拟
2019/1/15
采用分子动力学模拟方法研究了烷烃混合物在石墨烯表面取向的过程.研究结果表明，模拟温度能够改变链取向的方向，相对较低的温度对链垂直表面取向有利，相对较高的温度对链平行于表面取向有利；温度升高短链烷烃会发生脱离混合物的情况，且温度越高发生脱离行为的烷烃数目越多.烷烃链与石墨烯的相互作用在此过程中起重要作用.
利用同步荧光光谱、三维荧光光谱及分子动力学模拟方法研究了β-内酰胺类抗生素头孢西丁（CFX）与金属β-内酰胺酶BcⅡ之间的相互作用机制.荧光光谱分析表明，CFX与BcⅡ在结合过程中可诱导BcⅡ构象发生改变.分子动力学模拟结果表明，上述构象变化是BcⅡ在CFX的诱导下通过改变其结合口袋附近Loop构象，使二者达到完美匹配的一个诱导契合过程，并最终形成一个洞穴状疏水口袋以利于CFX的结合及催化水解.
采用分子动力学模拟方法研究了纤维素分子在碱/脲水溶液体系中形成的包合物结构，研究了纤维素包合物的空间构型、氢键网格结构、纤维素分子与溶剂分子的相互作用以及碱金属阳离子对包合物稳定性的影响.在纤维素包合物结构中，碱金属阳离子和OH-主要吸附在纤维素分子链羟基的附近，
选取64个具有潜力的含磷嘧啶类细胞周期依赖性蛋白激酶（CDK9）小分子抑制剂，采用分子对接方法研究了该类小分子与CDK9的结合作用，结果表明，分子构象、氢键形成、疏水性和氨基酸残基Cys106在此类抑制剂与CDK9的结合过程中具有重要作用. 在配体叠合的基础上，运用比较分子力场分析（CoMFA）、比较分子相似性指数分析（CoMSIA）和Topomer CoMFA（T-COMFA）研究了分子结构与抑...
通过耗散粒子动力学方法，研究了pH响应性嵌段聚合物（聚丙烯酸-聚-2-乙烯基吡啶PAA-P2VP）接枝在纳米孔内的开关效应. 探讨了嵌段序列Wall-P2VP-PAA和Wall-PAA-P2VP对响应性开关效应的影响，结果表明，只有Wall-PAA-P2VP嵌段序列才能在不同的环境下形成智能响应性开关. 接枝密度对智能响应性开关影响的研究表明，只有在合适的嵌段聚合物链接枝密度下，形成的孔道才能够达...
采用分子动力学模拟研究了以十二烷基苯磺酸钠（SDBS）为代表的阴离子型表面活性剂，以十二烷基三甲基溴化铵（DTAB）为代表的阳离子型表面活性剂，以壬基酚聚氧乙烯醚（NPE）为代表的非离子型表面活性剂，以十二烷基二甲基甜菜碱（Betaine）为代表的两性表面活性剂及空白实验.模拟了表面活性剂在油水界面上的行为，
甲烷水合物是一种由水分子和甲烷分子组成的晶体化合物，广泛存在于大陆边缘的海底和永久冻土地带。冰作为一种同样由水分子组成的晶体，常被用于合成甲烷水合物。但是，冰影响甲烷水合物形成的机理依然不甚清楚。中国科学院地质与地球物理研究所地球与行星物理院重点实验室博士后张正财与研究员郭光军使用高精度恒能量分子动力学模拟，在冰-溶液-气体三相体系中进行了微秒级的甲烷水合物成核模拟，并考虑了甲烷水合物相对于冰的成...
采用从头算分子动力学模拟与密度泛函理论相结合的方法，计算模拟了不同尺寸的Pdn（n=1~32）金属团簇在UiO-66孔道中的稳定构型，并对金属团簇与材料骨架之间的作用方式、结合能及骨架形变能等进行了讨论. 采用Bader电荷分析方法对该体系的电荷转移情况进行了计算分析. 结果表明，Pdn团簇稳定负载于UiO-66材料的四面体笼中，且均呈堆积型构型. 当Pd原子个数为28时体系的热力学稳定性最好，这...
为了更好地理解贻贝在表面的黏附机理，实现水下胶黏，采用分子动力学方法研究了多巴在自组装膜上的黏附性：采用伞形取样和加权柱状图分析方法计算了多巴在不同自组装膜表面的黏附自由能，使用拉伸分子动力学模拟研究了多巴在不同自组装膜表面上黏附后的脱附力.结果表明，多巴在带负电的羧基自组装膜上的黏附能比在带正电的氨基自组装膜上的大，多巴更容易黏附到带负电表面；多巴在带电表面的黏附能比未带电表面的黏附能更强，表明...
采用分子动力学模拟方法研究了水溶液中管状带电纳米颗粒的跨膜输运过程.主要考察了纳米颗粒的尺寸、所带的电性以及外驱动电场的大小对输运动力学行为的影响.研究表明，随着外电场的增大，所有管状纳米颗粒的跨膜流量都迅速增大，其中有些颗粒呈现出非单调的变化，这与之前发现的球形纳米颗粒单调增加的趋势截然不同；而跨膜时间会随电场强度的增大而单调减小，并符合幂指数衰减的规律，这与郎之万动力学的理论预测一致.在同一电...
钚因放射性衰变而出现自辐照老化效应，氦行为和氦泡行为是这种老化效应的集中体现，也是理解这种老化效应的重要途径。钚中氦的释放是一个非常缓慢的过程，实验上无法获得氦泡形核长大以及释放的微观过程，原子尺度的模拟技术可以弥补这一缺陷。