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自2007年以来，将原来专门用于图像处理的GPU（Graphics Processing Unit）卡应用于高性能科学计算、特别是分子动力学计算的尝试成为热点。国际上相关的进展日新月异，利用GPU并行提升经典MD模拟时空尺度的能力、特别是在桌面计算机上进行大规模体系MD模拟的前景逐步明朗，但经典MD模拟的主要是分子体系的物理过程，不能应用于含化学反应的过程。
用分子动力学方法模拟计算了甘氨酸、亮氨酸、天冬氨酸、精氨酸及蛋氨酸5种氨基酸类缓蚀剂与Fe(100)晶面、(110)晶面及(111)晶面在酸性条件下的相互作用。结果发现，5种氨基酸与Fe的3个晶面结合能的排列顺序由小到大均为甘氨酸<亮氨酸<天冬氨酸<精氨酸<蛋氨酸；同一氨基酸分子与Fe(111)晶面结合能最大，与Fe(110)晶面结合能次之，与Fe(100)晶面结合能最小。对体系各种相互作用以及对...
分子动力学模拟二硫键对胰岛素构象稳定性的影响
胰岛素 二硫键 分子动力学模拟
2010/5/4
采用分子动力学模拟考察了二硫键对天然态和还原态胰岛素构象稳定性的影响。结果表明：天然态胰岛素中的二硫键限制了其A链和B链的相对运动，有助于稳定胰岛素的主链构象以及胰岛素活性位点的构象。对于还原态胰岛素而言，失去二硫键使其A链和B链解离，B链的中心螺旋趋于失稳，而导致活性位点构象变化。上述分子模拟结果与文献报道的实验结果相符，从分子水平上揭示了二硫键对于胰岛素构象稳定性的影响机制，对胰岛素药物的制剂...
Microscopic structure and diffusion properties of benzene in ambient water (298 K, 0.1 MPa) and super critical water (673－773 K, 25－35 MPa) are investigated by molecular dynamics simulation with sit...
This paper presents the results of molecular dynamics (MD) simulation on the rutile titanium dioxide and potassium hexatitanate (K2O.6TiO2 or K2Ti6O13) crystal. The interaction of atoms is described...
连接基团与尾链长度对阳离子Gemini表面活性剂与阴离子聚电解质复合物影响的分子动力学模拟
interaction polyelectrolyte gemini surfactant
2009/3/4
Interaction of anionic polyelectrolyte with cationic gemini surfactant has been investigated by coarse-grained molecular dynamics simulation. Polyelectrolyte facilitates the oppositely charged ionic...
氨基酸扩散系数的分子动力学模拟
分子动力学模拟 氨基酸 扩散系数
2009/2/20
采用分子动力学模拟的方法模拟了298. 15 K正则系综下甘氨酸、丙氨酸等12种氨基酸在水中的扩散过程，扩散系数的计算采用微分-区限变分法。计算结果表明：相同浓度下按不同分子数样本计算得到的扩散系数有较大差别，且分子数越多则模拟结果越接近于实验值。5种氨基酸在水中的扩散系数与文献值相对比，误差小于7%。还用同样的方法模拟了氧气在水中的扩散过程，模拟结果与实验结果吻合也较好。实验表明采用分子模拟手段...
指数-6流体的自扩散系数的分子动力学模拟
self-diffusion coefficient exponential-six fluid molecular dynamics simulation
2009/2/13
Self-diffusion coefficients of exponential-six fluids are studied using equilibrium molecular dynamics simulation technique. Mean-square displacements and velocity autocorrelation functions are used...
凝胶网络中溶剂性质的分子动力学模拟
分子动力学 凝胶网络 扩散系数 密度分布
2009/1/21
本文利用分子动力学(MD)方法模拟了三种不同结构的凝胶网络系统，对系统的压力、溶剂的自扩散系数以及溶剂在凝胶不同区域的密度分布等进行了考察。模拟结果表明，被吸收进入凝胶网络的溶剂的性质与纯溶剂的性质有很大的差别，但凝胶结构的不均匀性对凝胶网络中溶剂的性质几乎没有什么影响。
振动力场作用下聚合物熔体分子动力学（Ⅰ）运动模型
分子动力学 聚合物 振动力场作用
2008/12/18
引入振动力场以后，聚合物熔体分子的运动模式和状态都会发生变化。研究聚合物熔体分子在振动力场作用下的运动过程对于准确把握聚合物材料成型加工过程的各物理性能具有重要意义。本文建立了振动力场作用下聚合物熔体分子运动的珠-簧物理模型，运用统计力学方法求解该模型，得到了聚合物分子的动态松弛时间与振动频率的关系表达式，研究该式可以发现，聚合物的松弛时间是与振动频率密切相关的，当其他参数固定时，松弛时间随振动频...
振动力场作用下聚合物熔体分子动力学（Ⅱ）表观黏度的影响
分子动力学 聚合物 振动力场
2008/12/18
在本文（Ⅰ）报所建立的振动力场作用下聚合物分子运动物理模型和解析模型的基础上，推导出了振动诱导作用下聚合物熔体动态表观黏度与振动频率的关系表达式。通过实例计算和动态流变仪实验验证，证明了该模型的正确性和有效性，并且得出结论：振动力场作用下，聚合物熔体的表观黏度与振动频率密切相关，表观黏度随振动频率增加而减小;当振幅大于聚合物分子链长度时（一般都会大于分子链长度），再增加振幅对表观黏度的影响不大。证...
采用分子动力学方法模拟计算了乙硫醇分子在MFI和MOR两种拓扑结构沸石中的动力学性质，比较了乙硫醇不同负载量和沸石晶格原子刚性和柔性两种状态下乙硫醇分子在沸石孔道中扩散系数的大小。模拟结果表明，对于这两种沸石，负载量增加，扩散系数减小。对于MFI沸石，在刚性和柔性沸石结构的情况下，扩散系数分别为3×10－10m2/s和4×10－9m2/s；对于MOR沸石，在刚性和柔性结构的情况下，扩散系数...
利用ABEEM/MM浮动电荷模型对蛋白质BPTI分子的水溶液进行了分子动力学模拟, 验证了模拟参数(包括ABEEM参数和力场参数)的正确性以及可转移性. 结果表明, 对蛋白质BPTI水溶液模拟所得的蛋白质中各类非氢原子的位置与实验晶体结构相比的均方根位移偏差较小, 即模拟所得的BPTI结构与实验晶体结构具有较好的一致性; 计算得到的径向分布函数表明, ABEEM/MM模型很好地体现了蛋白质和周围水...