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中国科学院北京基因组研究所开发出比较群体基因组学新算法（图）
基因组测序 基因组学 新算法
2023/10/17
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
中国科学院北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法（图）
群体基因 高性能地分析
2023/10/23
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
北京基因组所（国家生物信息中心）开发比较群体基因组学新算法（图）
群体基因 高性能地分析
2023/11/21
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为从基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了前所未有的机遇。但是，目前的分析方法面临着一些技术瓶颈和挑战，其中一个关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。另一方面，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据也成为方法学方面的迫切要求。
三棱栎（Trigonobalanus doichangensis (A. Camus) Forman）隶属于壳斗科三棱栎属，目前仅分布于中国云南南部和泰国北部清迈。由于生境破坏和种群数量减少，目前已经被列入国家二级重点保护植物和极小种群野生植物，同时在世界自然保护联盟（IUCN）中列为濒危物种。
中国科学院西双版纳热带植物园三棱栎的群体基因组学与保护策略研究获进展（图）
群体基因组学 三棱栎 保护策略
2022/8/30
三棱栎【Trigonobalanus doichangensis (A. Camus) Forman】隶属于壳斗科三棱栎属，仅分布于中国云南南部和泰国北部清迈。由于生境破坏和种群数量减少，已被列入国家二级重点保护植物和极小种群野生植物，同时在世界自然保护联盟（IUCN）中被列为濒危物种。
中国科学院动物研究所进化与群体基因组学研究组现因科研工作需要，拟招聘博士后1-2名。合作导师：翟巍巍研究员。研究方向：群体遗传和分子进化、细胞群体遗传学、肿瘤基因组学。
近日，浙江大学农学院作物所徐海明教授与浙江省人民医院、杭州医学院陈国波副研究员合作，对无监督式群体基因组选择位点的探查方法展开研究。研究成果论文“EigenGWAS: An online visualizing and interactive application for detecting genomic signatures of natural selection”于国际生物学、生态学领域...
中国科学院昆明动物研究所吴东东课题组在非洲白额长尾猴群体基因组方面取得重要进展（图）
吴东东 非洲 白额长尾猴群体 基因组
2020/10/13
非人灵长类作为人类关系最近的动物类群，通常会被开发成各种疾病模型用于人类疾病的研究。非洲大陆的灵长类物种多样性十分丰富，大约有111种灵长类，长尾猴属（Cercopithecus）是其中分布最广、物种数目最多的一大类群，该属目前含有26个物种，主要分布在非洲中部的热带雨林地区。不同长尾猴物种之间面部特征迥异，毛色多样，并且多个物种存在同域分布的现象，种间基因渗透现象频繁，这给长尾猴的遗传进化研究带...
揭示环境多元的异质性与生物遗传变异之间的相互作用是理解物种进化历史的关键，为研究全球气候变化下生物的适应性进化和濒危物种的保护提供了重要理论依据。然而，对于非模式物种，环境变化如何促进物种分化，以及适应性进化的遗传基础知之甚少。山地由于频繁剧烈的地质运动导致的环境异质性造成地理分布隔离，影响物种分化，而发育为极富特色的物种特有性和多样性中心。原本山川，极命草木。中国幅员辽阔，尤其是括青藏高原台地、...
天津大学在酵母群体基因组学分析方面取得新进展（图）
天津大学 酵母群体 基因组学分析
2018/6/20
DNA双链断裂将会导致染色体断裂和细胞死亡，而修复不当则可能引起基因突变、插入、缺失、易位甚至染色体结构或数量异常以及基因组稳定性失控等一系列问题。为此，细胞演化出了多种DNA修复系统，其中同源重组以同源序列为模板，可准确无误地修复DNA双链断裂。究竟哪些生物学功能或通路相关的序列高度依赖于同源重组修复？目前人们对于这一问题的认知还非常有限。天津大学最近在这方面有了突破。基于群体基因组学的重组分析...
一种快速提取南瓜大群体基因组DNA 的方法
南瓜 基因型鉴定 分子育种 碱煮法
2018/4/19
基因型鉴定是作物分子标记辅助育种和基因功能遗传分析中十分重要的环节，此项技术的应用正日渐频繁，因而迫切需要一种高通量筛选的方法。本试验以南瓜中筛选到的互补型SSR 引物为验证手段，在种子阶段比较了钻孔法和萌芽法采用碱煮法提取DNA 的效果，并且在成熟植株阶段验证了各组织部位采用碱煮法提取DNA 的效果。结果表明：使用萌芽的南瓜种子根尖以碱煮法提取DNA 是可用于种子纯度测定的快速方法；成熟植株各部...
中国科学院武汉植物园在莲的种质资源群体基因组学研究中取得新进展（图）
中国科学院武汉植物园 莲 种质资源群体 基因组学
2017/10/26
为了解莲的不同种质资源之间的基因组变异与遗传进化关系，中国科学院武汉植物园水生植物基因组学与遗传育种学科组首次对三大类栽培莲（花莲、子莲和藕莲）、泰国莲和美洲黄莲等19个莲代表个体进行基因组重测序和变异分析。研究发现，美洲黄莲与亚洲莲存在明显遗传分化，而亚洲莲中泰国莲与中国莲之间也存在着一定程度的分化。研究还发现，栽培莲中的藕莲与中国野生莲遗传关系较近，而花莲和子莲存在强烈的遗传混杂（geneti...
2015年4月24日，国际学术期刊Nature Communications在线发表了中国科学院北京生命科学研究院研究员赵方庆团队与中国水产科学院黄海水产研究所和复旦大学合作研究的研究论文Saccharina genomes provide novel insight into kelp biology。这是首例大型褐藻群体基因组方面的研究成果，为研究海带的遗传多样性及进化历程提供了范例，奠定了解...
荣昌猪杂交群体基因组拷贝数变异鉴定与分析
荣昌猪杂交群体 猪SNP60芯片 荧光定量PCR 拷贝数变异
2014/5/27
为找出可能的性状相关遗传标记，本研究利用猪SNP60芯片对150头荣昌猪杂交群体基因组拷贝数变异区域（CNV regions，CNVRs）进行检测。结果，发现5个CNVRs，其中缺失CNVRs 3个 (CNVRs 2，4，5)，重复CNVRs 2个(CNVRs 1，3)，分别位于1、7、8、13、14号染色体上。其中CNVR1和CNVR5为新发现的CNVRs，CNVR2和CNVR3为已有报道但还未...