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本发明涉及一种基于高阶结构的生物网络聚类方法和系统，包括网络构建模块、模型构建模块、网络聚类模块、冗余删除模块以及结果展示模块。利用生物网络中丰富的高阶结构信息以识别其中的功能模块，结合高阶马尔可夫随机过程的优势，能够针对各种类型的网络模体进行聚类分析。本发明有着优秀的表现，基于高阶结构信息的聚类结果为生物网络分析提供了新的思路，如重叠蛋白复合物的识别和新信号通路的推断，同时也揭示了生物网络中所呈...
2022年12月30日，《自然-遗传》杂志在线发表了华中农业大学李林课题组联合杨芳课题组、严建兵课题组的合作研究论文“A multi-omics integrative network map of maize”。该研究对参考自交系B73全生育期不同组织/时期的样品进行多维组学大数据测定，获得了31个不同组织或发育时期的mRNA-Seq数据、21个不同组织或发育时期的circRNA-Seq、sRN...
作为生命体的内在时钟，生物震荡的精确性对于信号转导、基因调控以及细胞周期等生命过程至关重要。然而，在存在环境和自身噪声的情况下，生物网络如何实现精确振荡还尚不明确。2022年9月20日，北京大学北京国际数学中心/定量生物学中心张磊课题组与中国科学院深圳先进技术研究院合成所/北京大学定量生物学中心魏平课题组在eLife合作发表了题为“Network design principle for robu...
近日，草业与草原学院对西藏草地生态系统的研究成果以“Soil microbial network complexity predicts ecosystem function along elevation gradients on the Tibetan Plateau”为题发表在土壤科学领域主流期刊Soil Biology and Biochemistry。该研究揭示了共现网络复杂性在维持土壤...
北京大学张磊课题组在Cell Systems发文揭示“适应-抗噪”双功能生物网络的设计原理（图）
北京大学 张磊 课题组 Cell Systems 适应抗噪 双功能 生物网络 设计原理
2019/9/20
2019年9月18日，北京大学北京国际数学研究中心、定量生物学中心张磊课题组在Cell子刊Cell Systems在线发表题为“Network topologies that can achieve dual function of adaptation and noise attenuation”的研究论文。该工作通过数学与生命科学的交叉研究，利用理论分析与大规模科学计算，揭示了生物网络实现“适...
生物网络的动力学与功能研讨会
生物网络的动力学与功能研讨会
2017/12/14
为推进生物网络的动力学与功能的建模研究，加强国内外计算系统生物学领域研究人员的交流与合作，首届生物网络的动力学与功能研讨会将在南京大学仙林校区举行。会议将邀请约40位同行学者来南京大学开展为期两天的学术交流活动，计划安排学术报告15到20场，就生物调控网络的建模、模拟、计算和理论分析等方面进行学术研讨。
资源竞争和生物间捕食作用是生物群落物种组成和多样性演变的关键驱动力。已有的研究较多地揭示了土壤微生物之间的资源竞争和生态位分化，但对生物捕食影响微生物多样性和群落结构演变的作用机制仍缺乏研究，尤其缺乏在野外开放环境下的长期试验研究。线虫是土壤中最丰富的无脊椎动物之一，线虫捕食作用影响了微生物的数量和功能。在农田土壤中，不同培肥措施影响了土壤结构和孔隙、有机质和养分含量、水分和酸碱度的变化，必然影响...
基因组所阿尔兹海默症致病机制系统生物网络研究获进展（图）
基因 阿尔兹海默症 生物网络
2012/9/5
近日，中国科学院北京基因组研究所“百人计划”研究员雷红星开展的“阿尔兹海默症致病机制系统生物网络研究”取得阶段性进展，其研究论文Concerted Perturbation Observed in a Hub Network in Alzheimer’s Disease近日在PLoS ONE杂志发表。该文通过对病人易感脑区的转录组数据以及蛋白质相互作用数据进行整合分析，得到了在阿尔兹海默症中可能起...
2012年4月20日，中国科学院应用微生物网络微藻资源与应用中心第一次研讨会在水生生物研究所召开。会议就微藻中心的定位、网络实验室布局和工作重点等问题进行了深入探讨。会议由水生所副所长徐旭东主持。
章祥荪课题组在分子生物网络拓扑结构方面取得喜人进展
章祥荪课题组 分子生物网络 拓扑结构 进展
2011/10/9
国家数学与交叉科学中心章祥荪、吴凌云、王勇研究组以最优化模型和算法为主要数学工具，对生物信息学中序列、结构、功能、网络等几个不同层次的若干问题做了深入研究，在基因调控网络的推断、蛋白质相互作用网络的预测、蛋白质结构与功能研究与疾病成因的分析、以及用组合和图论方法解决基因组研究中的其他一些问题取得了系统的研究成果。
在生物进化中，复制和变异是两个重要机制。在本文中，我们主要研究变异对生物网络度负关联性的影响。我们讨论了多种随机变异机制，如随机节点删除变异机制、随机删边变异机制、随机加边变异机制和随机重组边变异机制。我们的结论是：随机节点删除变异机制和随机删边变异机制都不会强烈地影响生物网络的度负关联性，随机加边变异机制和随机重组边变异机制都会抑制生物网络的度负关联性。
中国科学院全面启动应用微生物网络
中国科学院 微生物网络
2010/8/26
中国科学院应用微生物研究网络（RNAM）启动会2010年8月24日在京召开。中科院有关领导在会上宣布，RNAM从规划建设阶段进入全面推进阶段，其下设的1个总中心和6个分中心今后将在统一的管理模式和运行机制下开展工作。
生物网络方法在DTN保管传递机制设计中的应用
延迟容忍网络 生物网络 保管传递 生物实体
2010/1/12
延迟容忍网络（DTN）中的保管传递机制存在着节点资源不足，束传输不可靠等问题。分析了存储资源的受限对束传输可靠性的影响，并借鉴生物网络机理，提出了基于生物网络的保管传递机制，设计具有免疫行为的生物实体并代理保管束，生物实体通过自组织协作完成保管传递，可以有效地降低分组丢失率。最后以智能服装无线传感器网络为例，通过试验评价该机制及其性能，证明了其有效性。
复杂生物网络自动画图算法分析
复杂生物网络 图论画法 力导向布局 网格布局
2010/4/23
介绍适应分子网络建模和信息系统需求的自动画图算法的研究成果。在分析代谢途径自动布局、力导向布局和基于网格的布局等3类具有代表性的自动画图算法的基础上，探究其各自的原理、内在联系、存在的优缺点以及亟待解决的问题，为应用网络可视化手段分析和解决具体生物问题提供参考和线索。