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水生态效应评价能够为沿海垦区合理开发提供科学决策依据。通过分析水生态效应的影响因素，梳理并构建包含社会经济子系统和水生态系统子系统的水生态效应综合评价体系及模型，运用层次分析法和熵权法主客观综合赋权，选取沿海垦区范围内的东台市、射阳县和大丰区为典型进行水生态效应评价实证分析，分析了水生态效应评价结果，提出了发挥沿海垦区自然资源优势、优化产业布局、提高水生态效应等对策建议。