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中国科学院上海药物研究所提出基于序列的药物设计新方法（图）
序列 药物设计 新方法
2023/7/19
20世纪90年代以来，基于蛋白质结构的药物设计（SBDD）一直是创新药物发现的主流方法，在针对具有明确靶标的疾病治疗方面取得了进步。这种方法一般涉及多个步骤的复杂流程，包括建立蛋白质的三维（3D）结构，识别潜在的配体结合位点，并通过虚拟筛选或全新设计发现活性化合物等。SBDD流程中的每个步骤都有局限性，如许多蛋白质没有高分辨率的结构。虽然近年来的蛋白质结构预测技术如AlphaFold和RoseTT...
中国科学院上海药物所提出基于序列的药物设计新方法（图）
上海药物所 药物设计 蛋白质结构 神经网络
2023/7/21
20世纪90年代以来，基于蛋白质结构的药物设计（SBDD）一直是创新药物发现的主流方法，在针对具有明确靶标的疾病治疗方面取得了进步。这种方法一般涉及多个步骤的复杂流程，包括建立蛋白质的三维（3D）结构，识别潜在的配体结合位点，并通过虚拟筛选或全新设计发现活性化合物等。SBDD流程中的每个步骤都有局限性，如许多蛋白质没有高分辨率的结构。虽然近年来的蛋白质结构预测技术如AlphaFold和RoseTT...
CMV启动子序列检测的复合实时定量PCR方法的建立
CMV启动子 序列检测 PCR方法
2013/11/29
建立和验证用于巨细胞病毒(CMV)启动子序列检测的复合定量PCR方法。方法 以CMV 启动子序列和小鼠管家基因β-actin的cDNA序列为模版分别设计探针和引物,用SYBR GreenⅠ熔解曲线分析两对引物扩增的特异性。对反应体系进行系统优化,并验证检测方法的灵敏度、线性和重复性、以及复合反应效率的变化。结果 针对CMV启动子序列的上游引物为5'AGACTTGGAAATCCCCGTGAGT3',...
多重耐药鲍曼不动杆菌gyrA基因高效反义肽核酸序列筛选及其体外抗菌活性观察
多重耐药鲍曼不动杆菌 gyrA 反义寡核苷酸 斑点杂交 肽核酸
2013/11/14
筛选出能与多重耐药鲍曼不动杆菌gyrA基因的mRNA紧密结合的反义肽核酸序列，评估其体外抗菌活性。 方法 利用Mfold、RNA Structure 4.6两种计算机软件对多重耐药鲍曼不动杆菌gyrA基因的mRNA进行二级结构分析计算，根据最低自由能原则在其mRNA局部杂交松弛区设计反义寡核苷酸，与体外转录的地高辛标记的gyrA mRNA进行斑点杂交，根据杂交信号的强弱筛选出与...
研究铁皮石斛（Dendrobium officinale）种子接菌共生萌发差异基因表达谱特征。方法 采用抑制差减杂交（SSH）技术,分别以接菌及未接菌培养5周的铁皮石斛种子cDNA作为检测子与驱赶子,构建铁皮石斛种子接菌共生萌发抑制性消减cDNA文库。结果 对部分克隆产物测序,经GenBank中BLASTx同源比较后,进行基因功能注释,得到100个具有植物同源性的表达序列标签（EST）,主要涉及细...
16S rRNA基因序列分析法鉴定病原细菌
16SrRNA 病原细菌 基因序列分析
2013/11/11
运用16S rRNA 基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法: 提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA 基因片段并测序。将测序结果用Blastn 在线软件在Nucleotide 数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果: 12种细菌可以鉴定到“种”,2种细菌可以鉴定到“属”。 结论: 16S rRNA 基因序列分析是一种有效的病原细菌鉴定...
华南HCV 1b亚型NS5A插入式复制子重组质粒的构建和序列分析
丙型肝炎病毒 非结构蛋白5A 复制子系统 序列分析
2012/4/24
目的构建来自华南不同慢性丙型肝炎（CHC）患者的HCV NS5A的复制子重组质粒并测序分析，探索HCV NS5A在抗病毒应答中生物学特性。方法以能够高效复制的1b型HCV复制子质粒为骨架，构成带有MIuⅠ和BclⅠ双酶切位点的开关质粒，采用逆转录-聚合酶链反应从不同CHC患者血清中扩增获得HCV 1b亚型NS5A全长片段，克隆到pMD-18载体中，测序分析其中的PKRBD、ISDR、V3和IRRD...
中药材DNA条形码鉴定的基因序列比较
中药材 DNA条形码 鉴定
2012/5/21
该文综述了中药材DNA条形码的研究现状,在此基础上分析了叶绿体基因和核基因在中药材系统进化及鉴定中的优缺点。ITS序列在植物中进化速率较快,适合属、种等较低分类阶元的系统关系研究,而ITS2更适合于中药材的鉴定。因此,中药材系统进化与鉴定研究应当根据研究问题选择相应DNA条形码序列。随着测序成本不断下降,叶绿体全基因组条形码在药用植物鉴定中的应用将更卓有成效。
评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。 方法: 选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcoding gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。 结果: 对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,ma...
刺五加鲨烯环氧酶基因cDNA的克隆及序列分析
刺五加 鲨烯环氧酶基因 克隆 RT-PCR
2012/3/21
对刺五加鲨烯环氧酶基因的cDNA进行克隆及序列分析。 方法: 采用改良的异硫氰酸胍法提取刺五加总RNA,逆转录为cDNA,根据已报道的人参SE基因cDNA序列设计引物,利用RT-PCR法克隆刺五加SE基因的cDNA序列。 结果: 克隆了2个序列不同的cDNA(SE1和SE2),开放阅读框分别长1 665,1 629 bp,分别编码554,542个氨基酸。SE1,SE2间的核苷酸和氨基酸一致性分别为...
牛蒡ITS 序列与药材质量的相关性研究
牛蒡 ITS 序列 药材质量
2012/8/1
研究牛蒡ITS 序列与牛蒡子药材质量相关性。 方法: 采集全国26个不同产地的牛蒡子药材,采用PCR扩增后测定ITS 序列,HPLC法对牛蒡子药材中牛蒡苷含量进行测定,应用ClustalX(1.81),Mage 4.0,SPSS 13.0等统计软件进行遗传多样性、基因分型、相关性等分析。 结果: 测得了26份牛蒡的ITS序列全长,在GenBank中注册,获得登记号,测定牛蒡子药材中牛蒡苷含量、千粒...
不同来源白首乌rDNA ITS序列分析
白首乌 克隆 ITS序列 序列分析
2012/8/16
研究白首乌不同种的ITS序列遗传差异性,分析序列差异性在白首乌品种鉴定及种质资源研究中的意义。 方法: 从不同来源的白首乌中提取总DNA, 以核基因组ITS通用引物进行扩增,扩增产物经克隆后,进行测序。 结果: 获得4个不同来源样品的ITS全序列及5.8S全序列以及两端的18S,26S的部分序列,其中戟叶牛皮消Cynanchum bungei ITS序列为国际首次获得,登录号分别分别为GU1989...
对金钱白花蛇及其伪、混品药材和原动物的Cyt b基因片段的序列分析发现,该基因片段在金钱白花蛇及其伪品间的差异远远大于金钱白花蛇种内个体间的差异,是理想的用于鉴别金钱白花蛇及其伪混品的分子遗传标记。在对Cyt b基因片段序列分析的基础上,设计了金钱白花蛇PCR鉴别的一对高度特异性引物BuL-1和BuH-1。结果表明,该对引物在对金钱白花蛇的PCR鉴别中,用60℃～65℃的复性温度,可以100%检出...
在药品质量控制中应用HPLC-ESI-IT (Ion Trap) MS分别确证胰岛素和胰岛素B链的C端氨基酸序列。取胰岛素标准品溶液或者胰岛素B链溶液适量，加入羧肽酶P及羧肽酶Y溶液适量降解胰岛素或者胰岛素B链C端，在预定的时间点取出酶降解反应液适量，加入等体积1%甲酸停止反应，混旋均匀后制成供试液，供HPLC-ESI-IT MS分析测定。采用Zorbax Prosphere C18柱(2.1 m...