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昆明植物所完成红马银花高质量单倍型基因组的组装和基因功能注释（图）
红马银花 基因 野生植物 种质资源
2023/8/19
红马银花（Rhododendron vialii Delavay & Franch）是杜鹃属（Rhododendron L.）、马银花亚属（Subgen. Azaleastrum）、马银花组（Sect. Azaleastrum）的常绿灌木。该物种曾经广布于滇中和滇南地区，但由于人类活动对生境的破坏以及作为观赏植物过度采挖等因素，目前许多分布区的居群已完全消失，因而被纳入《云南省极小种群野生植物拯救...
天津工业生物所开发全新酶功能注释AI工具ECRECer（图）
酶功能注释 蛋白质 转移酶 水解酶
2023/7/7
蛋白质功能注释是通过对蛋白质序列、结构的分析确定蛋白质功能，在生物学研究等领域具有重要意义。随着AlphaFold2、ESMFold等人工智能的方法开发，目前已经可以通过计算方法获得比较准确的蛋白结构，但从蛋白序列到功能的注释仍然面临着巨大挑战。目前，UniProt蛋白库（包含大约1.9亿个蛋白序列），只有不到0.3%（约50万个）经过了人工审核，其中仅有不到19.4%的蛋白质得到了明确的实验证据...
近日，安徽师范大学中国诗学研究中心资助项目成果《新修增订注释全唐诗》由黄山书社出版发行。《新修增订注释全唐诗》由陈铁民研究员和彭庆生教授担任主编，陈铁民、彭庆生、陈冠明、刘学锴、吴在庆、汤华泉6位专家参与修订和审定工作，全书共计1800余万字，是一部当之无愧的《全唐诗》整理注释权威著作。
中国科学院软件研究所在代码注释数据治理方面取得进展（图）
代码注释 数据治理 大数据质量治理
2022/9/7
近日，中国科学院软件研究所互联网软件技术实验室在代码注释数据治理方面取得进展。该研究针对当前代码注释大数据质量治理难的问题，通过分析4个大规模代码注释基准数据集，归纳出12种类型的噪声数据并研发了基于规则的代码注释数据噪声清理工具，能够高效、精准地自动治理代码注释数据质量，为代码注释自动生成模型形成高质量数据提供保障，有效促进现有的代码注释自动生成模型提升性能。
近日，中国科学院软件研究所互联网软件技术实验室在代码注释数据治理方面取得研究进展。该研究针对当前代码注释大数据质量治理难的问题，通过分析4个大规模代码注释基准数据集，归纳出12种类型的噪声数据并研发了基于规则的代码注释数据噪声清理工具，能够高效、精准地自动治理代码注释数据质量，为代码注释自动生成模型形成高质量数据提供保障，有效促进现有的代码注释自动生成模型提升性能。
中国科学院软件所在代码注释数据治理方面取得研究进展（图）
代码注释 数据治理 互联网软件
2023/8/21
2022年7月7日，软件所互联网软件技术实验室在代码注释数据治理方面取得研究进展。该研究针对当前代码注释大数据质量治理难的问题，通过分析4个大规模代码注释基准数据集，归纳出12种类型的噪声数据并研发了基于规则的代码注释数据噪声清理工具，能够高效、精准地自动治理代码注释数据质量，为代码注释自动生成模型形成高质量数据提供保障，有效促进现有的代码注释自动生成模型提升性能。
讲座通告——极限阅读：论文化校勘与注释的纠缠（图）
文化校勘 注释 比较文学文献学
2023/5/17
校勘与注释是古代文献学古籍整理的两种方式，在古典文献学的范围内二者的界线是清楚的。但是将校勘、注释引入比较文学的文学关系研究，就会发现讹误并不一定是需要校勘，有时可能需要注释。因为讹误有可能是变异的一个部分，一旦校勘，就会切断流变，这就与还原文学关系的目的完全冲突。这是古典文献学与文学关系研究的任务不同造成的，由此来看有必要建立比较文学文献学。
作为翻译文本的重要内容，注释不仅可以弥补读者的文化缺省，还能够折射出译者的翻译策略及其读者观，是译作的重要组成部分。本文选取《麦克白》在不同时期的11个汉译本（包含1个导读本），对各译本的注释进行统计分类，并就典型注释进行对比分析。研究发现，《麦克白》不同译本的注释不仅是读者了解异域文化的重要窗口，还是译者翻译观和读者观的重要载体；从中可以看出不同译者的隐形和显形以及特定读者群体的感受与反应，揭示...
昆明动物所研究人员发布最新版树鼩基因组注释（图）
灵长类；树鼩；基因组；
2022/1/26
树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，是灵长类的近亲。由于其繁殖周期短（约6周），饲养成本低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特点，在某些方面有望替代非人灵长类用于生物医学研究和应用。目前，树鼩已被用于多种感染性疾病模型创建，是研究视觉系统与功能的很好的动物。中国科学院昆明动物研究所研究员姚永刚团队和合作者，对树鼩开展了长期而深入的研究，先后完成树鼩高质量基因组分析、树鼩转基因技术突破、树...
中国科学院昆明动物研究所姚永刚团队发布最新版树鼩基因组注释
最新版 树鼩 基因组 注释
2021/10/12
为了解决树鼩用于疾病动物模型创建时缺少基因组等遗传信息的问题，姚永刚团队和合作者先后发布了第一版树鼩基因组（KIZ version 1: TS_1.0）和第二版树鼩基因组（KIZ version 2: TS_2.0）序列，并建立了首个树鼩基因组数据库（http://www.treeshrewdb.org/），实现了树鼩基因组数据的自由访问和共享，很好地促进了树鼩研究领域的发展。
美国麻省理工学院的科学家在11日出版的《自然·通讯》杂志撰文称，在进行了广泛的比较基因组学研究之后，他们绘制出了新冠病毒迄今最精确完整的基因注释图谱，确认了几种蛋白质编码基因，也发现有些基因并不编码任何蛋白质。此外，他们还分析了新冠病毒不同毒株产生的近2000个突变，从而能更好地评估这些突变的重要性。
基于高分辨质谱提升天然产物异构体结构注释的可信度
高分辨率质谱 质谱分析方法 重大科技计划
2022/9/22
植物次生代谢产物组成复杂多样，异构体种类繁多，痕量存在时不足以开展NMR/IR等波谱解析，在此情况下其结构推测往往高度依赖于高分辨率质谱（HRMS）所指示的质谱信息，从而导致其结构注释的可信度不强。因此，基于HRMS平台准确注释次生代谢产物异构体仍然具有很大的挑战性。
【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴定全长转录本序列。利用Blast工具将全长转录本比对Nr, Swiss-Prot, KOG, eggNOG, Pfam, GO...
【目的】利用已获得的纳米孔长读段测序数据完善现有的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis参考基因组注释信息，并对未注释的新基因和新转录本进行鉴定和功能注释。【方法】基于已获得的纳米孔长读段测序数据，采用gffcompare软件将蜜蜂球囊菌全长转录本与参考基因组注释的转录本进行比较，进而对参考基因组注释基因的非翻译区(untranslated region, UTR)进行延长。利用TransDe...
2020年4月14日，北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、生命科学联合中心（CLS）、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）张泽民实验室联合百奥智汇在期刊《Nature Communications》上发表了题为“SciBet as a portable and fast single cell type identifier”的生物信息方法学论文，正式发布了基于单细胞转...