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基于16S rDNA序列的小贯小绿叶蝉共生细菌多样性研究
小贯小绿叶蝉 细菌 16S rDNA 多样性
2018/6/26
利用Illumina HiSeq技术, 对赤壁、大悟、武汉、咸安和英山5个茶园小贯小绿叶蝉地理种群的成虫共生细菌16S rDNA-V4变异区进行测序, 应用Uparse和RDP Classifier等软件统计和分析样本的物种组成、丰度和多样性。5个地区小贯小绿叶蝉成虫的16S rDNA基因序列文库共获得239 645条有效tags, 在97%相似阈值下将其聚类为3 403个OTUs。共注释到41个...
黄蒿丛枝病植原体的鉴定及其16S rDNA序列分析
黄蒿丛枝病 葡萄黄化植原体 分子鉴定 16S rDNA序列分析
2018/12/29
黄蒿为菊科蒿属一、二年生草本植物, 在医学和植物病害生物防治方面具有重要价值。植原体是一类重要的病原物, 常引起丛枝、小叶、黄化、簇生等症状。从山东泰山山涧采集到表现丛枝症状的感病黄蒿植株, 以叶片总DNA为模板, 利用植原体通用引物对R16F2n/R2进行PCR扩增, 获得了大小为1 244 bp的片段, 与葡萄黄化(Stolbur)植原体(AF248959)和纸花黄化植原体(JX128698)...
利用16S rDNA基因及线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome oxidase subunit I gene，COⅠ）基因建立3种形态学特征相近的血蜱属蜱类-长角血蜱、褐黄血蜱及铃头血蜱的分子生物学鉴定方法，探讨它们的系统发生关系。 方法 在上海市动物体表采集寄生蜱，在解剖显微镜下进行形态学鉴定后，提取蜱样本基因组DNA，采用PCR方法从蜱基因组中扩增16S rDNA及COⅠ基因...
Wolbachia是一类胞质遗传的内共生菌, 广泛分布于节肢动物和其他动物中, 与宿主的生殖调控密切相关。通过研究迁飞性害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis (Guenée)的Wolbachia感染情况, 为探讨Wolbachia在迁飞性昆虫中的生殖调控和传递方式等提供基础资料。本研究应用Wolbachia的ftsZ基因和16S rDNA基因的特异性引物, 通过PCR扩增...
昆虫消化道内是一个复杂的微生态系统， 有大量的微生物存在。这些微生物对寄主发育、 营养吸收和防御方面都起着重要的作用。本文利用基于16S rRNA基因的PCR-RFLP指纹图谱法和变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE）的方法对柑桔黄龙病虫-媒柑桔木虱Diaphorina citri体内细菌菌群多样性进行了研究。经PCR-RFL...
16S rDNA同源性所揭示的双歧杆菌与有关细菌的亲缘关系
双歧杆菌 16S rDNA同源性 系统发育
2009/9/10
本研究测定了低GC含量的双歧杆菌(Bifidobacterium inopinatum)和新种B.thermacidophilum的16SrDNA全序列，在同另外19个双歧杆菌及 8个相关细菌的16SrDNA同源性分析的基础上构建了系统发育树。结果表明：除低GC含量的B.inopinatum外，所有双歧杆菌的种在16S rDNA序列相似性≥92%的水平上聚类为一个簇群。尽管B.inopinatu...
摘要通过数值分类、SDS-全细胞蛋白电泳分析,对分离自西北黄土高原地区的木蓝根瘤菌进行了研究,获得了1个新类群。在此基础上,进行了中心菌株SHL042的16S rDNA全序列分析,得到系统发育树状图。SHL042与R.tropic i A、R.tropici B、R.leguminosarum、R.etli、R.hananesis、R.mongo lense和R.gallicum构成一个发育分支,...
蝗总科部分种类16S rDNA的分子系统发育关系
蝗总科 16S rDNA 分子系统发育
2008/2/1
摘要 摘 要：将自测的我国直翅目蝗总科8科8个种和从互联网GenBank中
检索到相关物种的线粒体基因组16S rDNA序列片段进行同源性比较，计算核苷酸使用频率，并构建分子系统树。在获得的480 bp的序列中，A+T约占70.7%，G+C为29.3%，颠换取代（transversion）的速率大于或接近转换取代（transition）的速率，其中188个核苷酸位点存在变异。研究结果表明：在直翅...
基于16S rDNA部分序列探讨中国近海30种石斑鱼类的分子系统进化关系
石斑鱼亚科 rDNA 系统进化
2007/12/17
石斑鱼因其种类繁多，分布广泛及缺乏显著的形体特征，使其系统分类的研究一直颇为困难，为探讨中国近海石斑鱼类系统进化关系，通过PCR扩增获得了石斑鱼亚科（Epinephelinae）6属30个种类的线粒体16S rDNA基因片段序列。采用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析，计算了Kimura 2 -parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数，并结合GenBank石斑鱼属的同源序列，以...
本文测定了蛱蝶科7亚科27种蛱蝶和斑蝶科2种蝴蝶的线粒体16S rRNA基因部分序列，并从GenBank中下载了6种蛱蝶的同源序列。以斑蝶科的幻紫斑蝶和绢斑蝶作外群，通过遗传分析软件对这些序列进行了比较分析，用邻接法和贝叶斯法重建了蛱蝶科的系统发育树，探讨了蛱蝶科主要类群间的系统发育关系。序列分析的结果显示：经比对处理后获得494 bp长度序列，其中有可变位点206个，简约信息位点145个；A...
采用基于16S rDNA 的变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE）和16S rDNA文库序列分析的手段，研究了重要经济昆虫家蚕Bombyx mori 2个品系——专食性品系C108和广食性品系SCN2幼虫中肠内的细菌群落多样性，同时还探讨了食料对家蚕中肠内细菌群落结构的影响。文库序列分析表明，PCR 扩增得到的16S rDNA...
摘要：土壤微生物多样性是土壤生态功能的基础, 但长期以来缺乏对高强度土地利用条件下的土壤微生物多样性的认识。作者采用间接法提取了江苏省太湖地区典型菜地土壤微生物的总DNA, 以细菌的通用引物27F和1492R扩增16S rDNA片段, 将扩增产物与T-载体酶连, 转化大肠杆菌, 建立土壤微生物16S rDNA克隆文库。PCR扩增基因文库中插入的16S rDNA外源片段, 用两种限制性内切酶Hha ...
摘要：
在中国学者夏凯龄的分类系统中，剑角蝗科Acrididae一直被看作是单系群，包含6个亚科。但是，近年来的研究对其单系性争议较大。为探讨其单系性和剑角蝗属等6属的系统发育关系，我们测定了剑角蝗科14种蝗虫的16S rRNA基因部分序列，并从GenBank中下载了1种蝗虫的同源序列。以蚱科的2个种作外群，用NJ、MP及ML法重建系统发生树。由三棵分子系统树中得出的系统发生关系与中国的分类系统差...
题目：应用16S rDNA序列探讨斑腿蝗科的单系性及其亚科的分类地位
作者：刘殿锋，蒋国芳，时号，孙正莉，霍光明
摘要：
本文测定了斑腿蝗科10亚科20种蝗虫和其他蝗科3种蝗虫的线粒体16S rDNA部分序列，并从GenBank中下载了15种蝗亚目昆虫的16S rRNA基因相应序列片段。比对后的序列长度是397 bp，其中有196个变异位点，157个简约信息位点，A+T平均含量为71.7%，C+...
从线粒体16S rDNA序列探讨绒螯蟹类的系统发生关系
2007/8/5
摘要：
测定了绒螯蟹类各物种的线粒体16S rDNA 部分片段的序列，构建了NJ树、ML树和MP树。序列歧异数据比较和各系统发生树都支持新绒螯蟹属（Neoeriocheir）为一个独立的属。在3种系统发生树中，直额绒螯蟹（Eriocheir recta）都是绒螯蟹属（Eriocheir）所有其它成员的姐妹群，并且广东珠江1只直额绒螯蟹标本的16S rDNA部分序列与台湾产台湾绒螯蟹（Erioche...