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西南大学植物保护学院前身是西南农学院植物保护系，是西南农学院最早建立的六个骨干系科之一，至今已走过了70余年的光辉历程。何文俊、蒋书楠、李隆术、颜思齐、赵志模等知名学者先后在本学院任教，逐步奠定了深厚的学科基础，凝练出今日之院训：崇德尚学，务本致远。
天然产物农药研究室（Laboratory of Natural Products Pesticide）成立于2005年10月1日，依托于西南大学，逐步发展成为一个集科研、教学和社会服务为一体的综合性研究机构。