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浙江大学生命科学研究院2021年12月1日沈立实验室在Science Bulletin发表封面文章揭示组蛋白修饰H2AK119ub1与H3K27me3在早期胚胎发育中的全基因组解偶联现象（图）
沈立 蛋白修饰 早期胚胎发育 基因
2022/10/25
2021年12月1日，浙江大学生命科学研究院沈立实验室在Science Bulletin杂志上发表了题为“Genomewide decoupling of H2AK119ub1 and H3K27me3 in early mouse development”的研究论文，通过建立一种被命名为CATCH-Seq的超灵敏微量染色质免疫共沉淀测序技术，发现小鼠早期胚胎发育过程中组蛋白修饰H2AK119ub...
2018年11月30日，国际学术期刊Nature Methods 发表了中国科学院上海营养与健康研究院计算生物学研究所Andrew Teschendorff组的研究论文“Identification of differentially methylated cell types in epigenome-wide association studies”，报道了一种新的有助于识别与疾病相关的表观遗...
近日，复旦大学附属华山医院、安徽医科大学附属第一医院、中日友好医院等牵头，北京大学人民医院、北京协和医院、上海交通大学医学院附属仁济医院、中山大学附属第一医院、美国密歇根大学等共同参与完成的中国首项系统性红斑狼疮（SLE）全基因组编码变异研究取得新进展。该研究首次利用定制外显子芯片，对中国汉族人群5004例SLE患者和8179例健康个体进行大规模的编码变异筛查，对照研究发现了4个全新的SLE易感基...
丹参全基因组遗传密码破译
丹参全基因组 遗传密码 破译
2016/8/11
近日，中国中医科学院中药研究所陈士林团队和中国科学院植物研究所的漆小泉团队联合中国医学科学院药用植物研究所、澳大利亚昆士兰大学、美国田纳西州大学健康科学中心、美国爱荷华州立大学、澳门大学、英国桑格研究院和广药集团等单位，在著名植物学杂志《MolecularPlant》发表了丹参全基因组，标志着作为常用中药丹参的遗传密码被破译。科技日报头版报道了这一研究成果．这一研究为构建药用模式生物体系、揭示丹参...
CNS Neuroscience & Therapeutics:全基因组关联研究发现的特发性全面性癫痫新易感基因在中国汉族人群中的验证研究
全基因组 癫痫新易感基因 中国汉族人群
2014/10/24
2014年8月，我所刘昭前教授及其研究团队的一篇关于全基因组关联研究发现的特发性全面性癫痫新易感基因在中国汉族人群中的验证研究的文章（Novel susceptibility loci were found in Chinese genetic generalized epileptic patients by genome-wide association study）被《CNS Neurosc...
探索三氯生诱导的肝肿瘤的可能作用机制。方法 高浓度(1.25, 2.5, 5,和10 μmol·L-1)和环境相关浓度(0.625~5 nmol·L-1)三氯生分别暴露HepG2细胞24 h和2周,其中恢复实验选择5 nmol·L-1暴露组细胞在正常培养液中继续培养2周。① 利用HPLC-MS/MS检测全基因组DNA甲基化的改变和8-OHdG的水平变化,DNA甲基化抑制剂5-AZA暴露为阳性对照;...
鲍曼不动杆菌噬菌体AB3的全基因组测序及生物信息学分析
鲍曼不动杆菌 噬菌体 基因组 生物信息学
2013/11/13
对本研究小组分离的鲍曼不动杆菌噬菌体AB3进行测序和基因组生物信息学分析，阐明其亲缘关系。 方法 采用鸟枪法和重叠群组装的策略对噬菌体AB3进行基因组测序，并通过EditSeq、tRNAscan-SE、TRF、FindTerm、ORF finder、BPROM、GeneMarkTM、Clustalx、phylip等软件对所获噬菌体AB3基因组的一般特性、编码基因的功能预测、R...
木本植物全基因组测序研究进展
木本植物 测序技术 全基因组
2013/7/25
近年来, 植物全基因组测序的结果正如雨后春笋般涌现, 木本植物全基因组测序也在紧锣密鼓地展开。但由于木本植物通常基因组较大, 基因组结构较为复杂, 在测序、测序后的组装、注释、功能分析等均存在较大的困难。在基因组测序分析的经费预算方面也存在着较大的压力。因此, 有必要对这方面的研究进展及其存在问题进行分析比较, 以提高林木全基因组研究方面的效率。文章在比较分析已经发展起来的3代基因测序技术(San...
全基因组关联分析策略已逐渐成为家畜重要经济性状研究的强有力工具。文章使用猪60K SNP芯片对一个具多胎繁殖性状记录的商业母猪群(n=820)进行分型检测, 共计57 814个SNP通过设定质控标准。主成分分析显示群体内不存在显著的群体分层现象, 而后分别运用两种统计模型Compressed Mixed Linear Model (GAPIT 程序包)、Bayes CPi(GenSel软件)进行第...
肺结核全基因组关联研究进展
肺结核 全基因组关联研究 易感基因
2013/7/18
肺结核是由结核分枝杆菌感染引起的一类古老但仍对人类造成巨大影响的传染性疾病。到目前为止, 肺结核依然是由单一病原菌导致死亡人数最多的疾病, 并且随着耐药菌株的出现而呈现死灰复燃之势。近几年, 肺结核全基因组关联研究在世界范围内取得了阶段性成果, 发现了与肺结核相关联的遗传易感位点和区域, 使肺结核的遗传学研究进入了一个崭新的阶段, 为后续肺结核的早期和综合防治提供了重要线索。然而, 由于人群遗传结...
肥胖的全基因组关联研究
肥胖 全基因组关联分析 基因
2013/3/12
肥胖是2 型糖尿病和某些癌症的重要危险因子, 同时也是影响世界范围内公众健康的重要负担。作为一种传统的复杂疾病, 肥胖症被认为是基因与环境交互作用的产物。然而上述两个因素中哪一个对肥胖的产生发挥更大的作用尚存争议。近年来, 通过全基因组关联分析(GWAS) 发现了一些影响肥胖进展的基因位点。GWAS 研究对探寻基因变异在复杂疾病中的潜在作用发挥日益重要的作用。为进一步了解遗传因素导致肥胖的风险, ...
Otterlace软件在猪全基因组序列人工注释分析中的应用
猪 全基因组 人工注释 Otterlace
2013/7/21
2009年11月, 美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年, 随着全基因组序列陆续释放, 越来越多的测序片段得到正确拼接组装, 从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1, CFL1)基因的注释过程为例, 介绍了运用Sanger研究所开发的Otterlace软件对猪全基因组的免疫基因序列进行人工分析与注释。通过详细说明Zmap、Bli...
长期的人工选择使猪的生产性能得到显著提高, 与选择相关的基因组区域也随之发生特定遗传变异表征(选择信号)。不同类型品种所受到选择强度不一, 选择信号亦不相同, 选择性清扫分析已逐渐成为选择信号的主要检测手段。文章基于商用型大白猪(n=45)和地方猪品种通城猪(n=45)的猪60K SNP芯片分型数据, 借助遗传分化系数Fst法进行选择信号检测分析。利用gPLINK软件设定质控标准, 共计34 30...
原发性高血压全基因组关联研究进展
原发性高血压 血压 全基因组关联研究 易感基因
2013/7/22
原发性高血压是一种由遗传与环境因素共同导致的复杂疾病, 具有高度的遗传异质性。自2007年首个高血压全基因组关联研究(Genome-wide association studies , GWAS)报道以来, 许多GWAS相继开展。文章首先对2007年1月至2011年9月期间报道的24篇血压/高血压易感基因的GWAS按人种与染色体位置对其结果进行汇总, 经统计位点rs17249754、rs13789...