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多毛番茄CIPK基因家族生物信息学分析及低温下功能研究
多毛番茄 CIPK 生物信息学 低温
2021/3/1
CIPK 基因家族是Ca2+ 介导的植物信号转导途径中的一个关键家族，在植物胁迫响应和生长中起着关键作用。本试验基于多毛番茄全基因组数据筛选出24 个多毛番茄CIPK 基因家族成员，系统进化分析将家族成员分为5 个亚组，家族成员内部含有5 个基因复制对。亚细胞定位分析表明，多毛番茄CIPK 基因大多定位于细胞质；少数分布于质膜、细胞核、线粒体。共线性分析结果表明，拟南芥和栽培番茄中的CIPK 基因...
甜瓜热激转录因子（Hsf）基因家族鉴定及生物信息学分析
甜瓜 Hsf 基因家族 系统发育 生物信息学
2021/3/3
热激转录因子（heat shock transcription factor，Hsf）是植物胁迫抗性调控中的一类重要因子，在植物胁迫应答和生长发育调控中起着关键作用。本试验基于甜瓜（Cucumis melo L.）基因组数据，利用生物信息学手段对CmHsf 家族进行鉴定，并对其基因结构、位置信息、系统发育、共线性关系及启动子等进行了分析。结果表明：在甜瓜基因组数据中共鉴定到22个CmHsf 基因家...
分别以全雌系D1104-2-4、强雌系D1158 ♀ -2、雌雄异花同株D0528-2 为母本，与1 个雌雄异花同株父本D0708-2 杂交获得杂种一代，调查开花初期、根瓜期、盛果期3 个时期雌性相关农艺性状，筛选出差异显著的组合进行转录组测序分析进而分析黄瓜杂交组合间MADS-box 家族的差异基因。结果表明：以全雌系D1104-2-4 为母本的杂种一代C15-114 在雌花数、雌花节率上均具有...
胡萝卜类甜蛋白家族鉴定与生物信息学分析
胡萝卜 类甜蛋白 系统进化 生物信息学
2018/4/24
为了全面了解胡萝卜基因组中类甜蛋白家族基因结构和蛋白功能，利用胡萝卜基因组数据库，通过生物信息学方法对筛选的32 个胡萝卜类甜蛋白家族成员进行鉴定、聚类及结构功能分析。结果表明：胡萝卜类甜蛋白家族基因分布在8 条染色体上，该家族蛋白保守性较强。系统发育分析显示，胡萝卜类甜蛋白家族属于10 个进化组，其中进化组5 中的基因主要来自1 号染色体，该组成员具有抑菌潜力，值得深入研究。
柑橘黄化脉明病毒（Citrus yellow vein clearing virus，CYVCV）是一种正义单链RNA病毒。其基因组含有6个开放阅读框（ORF），其中ORF2、ORF3和ORF4组成了三基因连锁结构（triple gene block，TGB）。以感染CYVCV的尤力克柠檬[Citrus limon（L.）Burm. f.]植株的总RNA为模板，扩增和克隆了CYVCV的TGB基因，...
旨在克隆获得新疆野扁桃自交不亲和花粉SFB 新基因，以新疆野扁桃花药为试材，应用分子同源克隆及RT-PCR等技术，并进一步采用在线软件分析SFB 基因的蛋白质理化性质，实验成功克隆到了PtSFB5 与PtSFB6 2 个新SFB 基因的cDNA全长，2 个基因的cDNA全长分别为1124 bp 和1072 bp，分别编码了374 和348 个氨基酸，2 个基因都具有F-Box 基因结构，属于F-B...
大豆异黄酮还原酶基因的鉴定及生物信息学分析
大豆 异黄酮 异黄酮还原酶 基因家族
2016/12/15
异黄酮是大豆生长过程中形成的一类次级代谢产物，是大豆主要的功能活性成分之一。异黄酮还原酶（isoflavone reductase，IFR）是异黄酮分解途径的关键酶之一，在调控异黄酮含量及成分方面起着重要作用。本研究基于大豆全基因组测序数据，利用生物信息学方法鉴定了大豆异黄酮还原酶基因家族成员，并对其基因的序列特征、结构特征和遗传多样性进行了分析。结果表明：大豆异黄酮还原酶（GmIFR）家族含有1...
黄瓜促分裂原活化蛋白激酶基因的生物信息学分析及原核表达
黄瓜 促分裂原活化蛋白激酶
2009/2/10
利用RT-PCR技术结合RACE技术，从NO3-胁迫下的黄瓜根中克隆出促分裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase, MAPK）基因的同源序列，命名为CsNMAPK，GenBank注册号为DQ812086。生物信息学分析表明，该基因全长1 636 bp，开放阅读框（ORF）1 113 bp，编码370个氨基酸。亚细胞定位预测其编码蛋白可能定位于细胞质；跨膜...