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近日，华中农业大学园艺作物种质创新与利用全国重点实验室番茄课题组在Plant Biotechnology Journal发表了题为“CRISPR/Cas9-mediated mutations of FANTASTIC FOUR gene family for creating early flowering mutants in tomato”的研究论文。
2022年4月，中国农业科学院果树研究所苹果资源与育种创新团队研究发现调控苹果不定芽再生的关键基因家庭，并对苹果AIL家族基因进行全面鉴定及分析。相关成果发表在《基因组（Genomics）》上。
液泡铁离子转运蛋白（vacuolar iron transporter，VIT）参与铁的储存和运输，对植物光合作用、固氮、呼吸、DNA和激素合成有重要作用。本研究中鉴定了苹果全基因组的9个VIT基因，通过系统发育分析其进化关系，表明苹果VIT蛋白与拟南芥进化关系较近。染色体定位显示9个VIT基因分布在7条染色体上，VIT基因的启动子区域富含光反应、植物激素调控和启动子相关顺式作用元件。表达谱分析显...
辣椒属GRF基因家族全基因组鉴定和表达分析
辣椒 GRF基因家族 表达分析 GA3
2020/12/11
生长调节因子（Growth-regulating factor，GRF）是一类植物特异的转录因子，其作用涉及植物的生长发育、胁迫和激素信号响应等各个方面。目前还没有关于辣椒GRF的相关报道。利用BLASTP和隐马科夫模型（HMM）在辣椒属（Capsicum）5个参考基因组数据库鉴定了52个GRF家族成员。通过分析发现辣椒GRF转录因子长度为200 ~ 745 aa，分子量23 ~ 81 kD，理论...
为揭示香蕉类萌发素蛋白（GLP）功能，对香蕉GLP基因家族（MaGLP）进行了全基因组鉴定，分析了基因结构、染色体分布和启动子顺式作用元件和转录因子结合位点（TFBS）分布情况以及编码蛋白的理化性质、保守基序、进化关系，同时基于转录组的结果研究它们在4 ℃和45 ℃处理的叶片、枯萎病菌FocTR4处理的根系以及自然成熟和乙烯催熟的不同成熟阶段的果实中的表达情况。结果显示：MaGLP家族共有44个成...
植物Gly-RLK基因家族鉴定及其在苹果中的表达分析
苹果 Glyco_18-RLK（Gly-RLK） 进化特征 表达模式 腐烂病
2020/11/13
类受体激酶（receptor like kinase，RLK）在植物生长发育和环境适应中起重要作用。前期研究发现苹果（Malus domestica）中存在一类具有Glyco_18胞外结构域（SM000636或SM000704）的RLK，命名为Glyco_18-RLK（Gly-RLK）。本试验中以Glyco_18和Pkinase（SM000220）保守域全蛋白序列为种子序列，对5...
多毛番茄CIPK基因家族生物信息学分析及低温下功能研究
多毛番茄 CIPK 生物信息学 低温
2021/3/1
CIPK 基因家族是Ca2+ 介导的植物信号转导途径中的一个关键家族，在植物胁迫响应和生长中起着关键作用。本试验基于多毛番茄全基因组数据筛选出24 个多毛番茄CIPK 基因家族成员，系统进化分析将家族成员分为5 个亚组，家族成员内部含有5 个基因复制对。亚细胞定位分析表明，多毛番茄CIPK 基因大多定位于细胞质；少数分布于质膜、细胞核、线粒体。共线性分析结果表明，拟南芥和栽培番茄中的CIPK 基因...
甜瓜热激转录因子（Hsf）基因家族鉴定及生物信息学分析
甜瓜 Hsf 基因家族 系统发育 生物信息学
2021/3/3
热激转录因子（heat shock transcription factor，Hsf）是植物胁迫抗性调控中的一类重要因子，在植物胁迫应答和生长发育调控中起着关键作用。本试验基于甜瓜（Cucumis melo L.）基因组数据，利用生物信息学手段对CmHsf 家族进行鉴定，并对其基因结构、位置信息、系统发育、共线性关系及启动子等进行了分析。结果表明：在甜瓜基因组数据中共鉴定到22个CmHsf 基因家...
利用生物信息学方法对石斛组蛋白去甲基化关键酶基因JmjC进行全基因组鉴定，通过qRT-PCR检测DoJMJ组织表达模式及对不同光周期的响应。结果表明，在铁皮石斛（Dendrobium officinale）基因组上共鉴定到17个JmjC，保守结构域分析结果显示，该家族蛋白划分为5个亚家族（JARID1、JHDM3、JHDM2、JMJD6和JmjC-only），各亚家族所含保守结构域数量不等；基因结...
综述了兰科植物基因组、转录组以及研究理论与模型等方面的重要成果，结合深圳拟兰（Apostasia shenzhenica）、铁皮石斛（Dendrobium catenatum）、小兰屿蝴蝶兰（Phalaenopsis equestris）全基因组研究，重点对调控花器官发育的A、B、C、D、E类基因的研究进行了概述，并对今后兰科植物花发育组学研究方向进行了展望，以期为兰科植物重要的生物学问题的解答、...
为研究香蕉漆酶基因家族成员的功能，采用生物信息学方法鉴定香蕉漆酶基因成员，分析其低温胁迫下的表达情况，为香蕉抗寒研究提供理论依据。从香蕉A（Musa acuminata）基因组筛选了22条漆酶基因（MaLAC），从香蕉B（Musa balbisiana）基因组筛选了11条漆酶基因（MbLAC），通过生物信息分析发现MaLAC比MbLAC更保守。分子进化树分析结果表明MaLAC可分为5类，MbLAC...
番茄SELF-PRUNING基因家族及株形调控功能研究进展
番茄 SELF-PRUNING 基因 株形 调控 生长习性
2020/10/13
番茄SP（SELF-PRUNING）基因调控植株的有限型生长习性，其与金鱼草CEN（CENRORADIALIS）基因和拟南芥TFL1（TERMINAL FLOWER 1）基因同源，属于调控植物生长习性和开花的同一类基因。目前已报道了番茄SP基因家族8个成员（SP、SP9D、SP2I、SP3D、SP5G、SP6A、SIGI和SPGB），该基因家族能直接或间接调控番茄植株的生长习性，影响其株形。对番茄...
辣椒MYB基因家族的鉴定及与辣味关系分析
辣椒 MYB转录因子 转录组测序 辣椒素含量
2020/6/17
利用生物信息学方法从辣椒全基因组数据库中筛选出172个MYB转录因子，并对其序列特征、染色体定位、进化关系、蛋白质保守基序和基因结构等进行综合分析，同时通过辣椒果实不同发育阶段胎座组织转录组测序筛选与辣味可能相关的MYB基因。结果表明，辣椒MYB有1R、2R（R2R3）、3R、6R等类型，其中R2R3型居多，结构域分析表明其具有典型的W型R2R3保守基序；获取20个motif元件并进行位置分析，发...
辣椒β–酮脂酰辅酶A合酶基因家族的鉴定与表达分析
辣椒 KCS基因家族 基因表达
2020/3/3
为深入了解 β–酮脂酰辅酶 A 合酶（β-ketoacyl-CoA synthase，KCS）基因家族在辣椒基因组中的特征，利用生物信息学方法鉴定所有 KCS 基因家族成员，对基因染色体定位、系统发育关系、基因结构、蛋白保守基序和组织表达模式等进行分析，并通过 qRT-PCR 方法检测基因在高温、低温和 NaCl胁迫下的响应。从辣椒基因组中共鉴定出 22 个 KCS 家族基因，其不均匀地分布在辣椒...