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近日，广东省农业科学院蔬菜研究所何焕清研究员团队与福建省农业科学院食用菌研究所陈体强研究员团队合作完成白肉灵芝Ganoderma leucocontextum strain H4的全基因组测序、组装与注释分析。该项目从双核菌丝体提取高质量的总DNA，采用Nanopore三代测序，组装得到的基因组由66条无gap的Scaffold构成，序列总长54.027Mb；用于组装纠正的二代测序数据（...
2021年5月，北京市农林科学院刘凡研究员团队，联合江苏农科院及美国和荷兰的科学家，在生物学领域重要刊物《BMC Biology》上在线发表了题为“Genome sequencing sheds light on the contribution of structural variants to Brassica oleracea diversification”的研究论文（Guo et al....
近日，Horticulture Research在线发表了西北农林科技大学葡萄种质资源与育种团队王西平课题组题为“Whole genome sequencing reveals rare off-target mutations in CRISPR/Cas9-edited grapevine”的研究论文。青年教师王现行与涂明星博士为该文第一作者，王西平教授为通讯作者。
跳枝碧桃（Prunus persica f. versicolor）在同一植株上可产生二色花和嵌合花，具有很高的观赏价值。以南京3个观赏桃集中分布区的57株跳枝碧桃为材料，利用简单重复序列（SSR）标记研究其遗传背景。通过PCR扩增，筛选出6对多态性引物，共计扩增出17个多态性条带，平均有效等位基因2.83个。SSR标记基因分型结果表明，供试材料可分为3种基因型，各采样地均具有2 ~ 3种基因型，...
全基因组测序可以获得物种的基因组序列信息，对于探索物种起源和进化过程及基因的开发利用等研究至关重要。本文中综述了7种重要果树（苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、香蕉和桃）的全基因组测序研究进展，探讨果树全基因组测序目前存在的问题，并对未来果树全基因组测序、DNA测序技术的选择、测序后的研究方向、测序数据的开放性等问题进行讨论。
辣椒属GRF基因家族全基因组鉴定和表达分析
辣椒 GRF基因家族 表达分析 GA3
2020/12/11
生长调节因子（Growth-regulating factor，GRF）是一类植物特异的转录因子，其作用涉及植物的生长发育、胁迫和激素信号响应等各个方面。目前还没有关于辣椒GRF的相关报道。利用BLASTP和隐马科夫模型（HMM）在辣椒属（Capsicum）5个参考基因组数据库鉴定了52个GRF家族成员。通过分析发现辣椒GRF转录因子长度为200 ~ 745 aa，分子量23 ~ 81 kD，理论...
为揭示香蕉类萌发素蛋白（GLP）功能，对香蕉GLP基因家族（MaGLP）进行了全基因组鉴定，分析了基因结构、染色体分布和启动子顺式作用元件和转录因子结合位点（TFBS）分布情况以及编码蛋白的理化性质、保守基序、进化关系，同时基于转录组的结果研究它们在4 ℃和45 ℃处理的叶片、枯萎病菌FocTR4处理的根系以及自然成熟和乙烯催熟的不同成熟阶段的果实中的表达情况。结果显示：MaGLP家族共有44个成...
以Malectin（PF11721）、Malectin-like（PF12819）和Pkinase（PF07714）保守域全蛋白序列为种子序列，鉴定桃（Prunus persica）基因组中全部MRLK类受体激酶（Malectin receptor-like kinases）家族成员，并利用转录组测序分析桃绿蚜侵染不同时间MRLK在抗蚜和感蚜品系材料中的表达情况。利用生物信息学手段进行分析，共获得...
苯丙氨酸解氨酶（Phenylalanine ammonia-lyase，PAL）在植物物质代谢和抗逆过程中发挥重要作用。利用生物信息技术在茶树阿萨姆变种‘云抗 10 号’和茶变种‘龙井 43’基因组中分别预测获得5 条和 6 条 PAL 家族基因。系统发育树显示，拟南芥、杨树和茶树 PAL 亲缘关系较远，茶树阿萨姆变种和茶变种存在进化差异。对茶树转录组数据分析发现：盐胁迫和茉莉酸甲酯处理可显著诱导...
柑橘属SAUR基因家族的全基因组鉴定及表达分析
柑橘属 SAUR基因家族 基因表达 全基因组鉴定
2020/2/10
分析SAUR（Small auxin up-regulated RNA）基因家族在不同柑橘基因组中的数量、连锁群分布、基因结构、系统进化、基因表达模式等，从香橼、柚、莽山野橘和克里曼丁橘等基因组中分别鉴定到69、62、58和70个SAUR基因。SAUR在基因组上分布不均，呈现明显的串联重复现象，基因家族成员的差异可能是由于串联重复和染色体大片段复制引起。大多数柑橘SAUR基因不含内含子，含有SAU...
茶树TCP家族的全基因组鉴定及其表达分析
茶树 TCP 基因家族 表达分析
2019/11/5
以拟南芥TCP蛋白序列和TCP蛋白保守结构域种子文件（Pfam：03634）检索‘舒茶早’茶树（Camellia sinensis L.）基因组数据库，对茶树TCP基因（CsTCP）进行鉴定，共得到37个基因，分别编码150 ~ 607个氨基酸。蛋白质分子量介于16.8 ~ 67.6 kD，等电点介于5.10 ~ 10.52，内含子数为0 ~ 5，其中35个CsTCP定位于细胞核，1个定位于叶绿体...
基于甜瓜全基因组数据信息，利用生物信息学方法对甜瓜Dof家族基因进行了全面鉴定和系统发育分析，并通过Real-time PCR方法检测了CmDof家族成员对模拟干旱（PEG6000）、盐和低温胁迫的应答。结果表明：在甜瓜中存在34个Dof基因，除1、5和7号染色体外其余染色体均有分布，发生11次染色体片段重复事件和2次串联重复事件，外显子数在1 ~ 3之间，其蛋白质等电点在4.95 ~ 9.59之...
香蕉Aux/IAA基因家族的全基因组鉴定及表达分析
香蕉 Aux/IAA基因家族 生物信息学 基因表达
2019/11/5
对香蕉Aux/IAA基因家族进行了全基因组鉴定，获得分布于除1号染色体外的10条染色体上的44个家族成员，其CDS长度为378 ~ 1 062 bp，其中10个存在选择性剪切体。它们编码的蛋白包含125 ~ 353个氨基酸，均为不含信号肽的亲水蛋白。序列分析结果表明：该基因家族成员多为5个外显子和4个内含子的基因结构，编码蛋白多具有4个典型的保守基序。亚细胞定位预测结果显示，Aux/IAA成员多定...
葡萄MADS-box转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
葡萄 MADS-box家族 基因表达 休眠 单氰胺
2019/11/5
从葡萄基因组中共鉴定出54个MADS-box基因，其中Type-Ⅰ型10个，Type-Ⅱ型44个，分布于15条染色体中，编码的蛋白质序列为62 ~ 596个氨基酸，外显子数1 ~ 16个。启动子区含有大量光信号、植物激素、胁迫和分生组织等相关功能域。根据实时荧光定量RT-PCR的结果发现，SEP、FUL、FLC、SVP、SOC1和ANR1亚类基因随叶片生长表达水平逐步升高，在成熟叶中最高，衰老叶片...