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不同贮藏温度下采后哈密瓜生理及转录组学分析（图）
贮藏温度 哈密瓜 生理 转录组学
2023/4/6
哈密瓜（Cucumis melo var. saccharinus）属于葫芦科、黄瓜属、甜瓜亚属，素有“瓜中之王”的美称。新疆哈密瓜具有品质好、含糖量高、口感细腻和营养丰富等特点，被公认为水果中的佳品，是新疆特色和创汇果品，对推动新疆经济可持续发展具有重要作用。近几年，随着国家供给侧改革以及新疆农业产业结构的调整，使得新疆哈密瓜种植规模和年产量在不断扩大，因此哈密瓜的采后贮藏变得尤为重要。我国对果...
云南农业大学王白娟教授团队采用整合基因组学和转录组学首次揭示了Staphylococcus equorum对茶树根际土壤重金属的耐受和吸附机制（图）
Staphylococcus equorum 茶树 根际土壤 重金属 耐受机制 吸附机制
2024/2/26
2023年1月6日，茶学院王白娟教授团队在中科院1区TOP期刊《International Journal of Biological Macromolecules》（2022年影响因子8.025）上在线发表了题为“Integrated genomics and transcriptomics reveal the extreme heavy metal tolerance and adsorpt...
小青菜是一种原产于东亚的十字花科芸薹属植物，也称小白菜、青梗菜等，在我国南方地区广泛种植和食用。过去的自然选择和人工选育使得小青菜更适应热带和亚热带气候。与近源白菜类蔬菜相比，小青菜具有较高的耐热性，这种抗逆性部分归功于其表面丰富的蜡质层。因此，利用多组学手段对小青菜抗逆性进行研究对于培育优良品种具有重要的意义。
选取海南大学油梨种质资源圃的‘Fuerte’油梨花朵和小果进行转录组测序，获得18 010条序列，总长度为29 422 056 bp。利用MISA软件检索转录组测序数据，获得分布于4 687个序列中的6 312个SSR位点。经统计发现，SSR在所检测的序列中出现的频率为35.05%。分析SSR位点特征显示，所有类型的SSR平均长度为18.90 bp，SSR之间的平均距离为4.66 kb。‘Fuer...
韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发
韭菜 全长转录组 SSR 无融合生殖
2020/6/18
利用MISA软件筛选韭菜（Allium tuberosum）全长转录组测序获得的49 876条（大于500 bp）转录本序列（89.44 Mb），共检测出13 111个SSR位点，分布在10 332条转录本中，SSR出现频率为26.29%，平均分布距离为6.82 kb。在搜索的6种SSR位点类型中，1 ~ 3个核苷酸重复类型占主要地位，占总SSR位点数的98.74%，其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷...
利用外源GA3打破‘金乡’大蒜气生鳞茎休眠，采用高通量测序技术对休眠气生鳞茎和GA3处理气生鳞茎进行转录组测序，分析筛选响应外源GA3的差异表达基因，探究差异表达基因与GA3解除气生鳞茎休眠的关系。结果表明：外源GA3可有效打破气生鳞茎休眠；通过转录组测序得到上调差异基因4 588个，下调差异基因55 857个；28 107个差异表达基因在KEGG中获得注释，其中在代谢途径中获得注释的差异基因最多...
基于叶球转录组数据比较的甘蓝杂种优势分析
甘蓝 杂种优势 转录组分析 差异表达基因
2019/7/9
对甘蓝两个杂交组合F1的杂种优势进行了田间性状统计分析以及叶球转录组测序分析。所调查的9个园艺学性状中，单球质量和球主叶柄质量在F1代及其亲本之间差异显著，其中单球质量的中亲优势和超亲优势在两个组合F1中表现突出，即产量杂种优势较为明显。通过叶球转录组分析，分别筛选获得了4组差异表达基因，在相同标准下，两个杂交组合中父本与F1代的差异表达基因明显多于母本与F1代的差异表达基因，表明母本的表达谱与F...
三色堇转录组SSR分析及分子标记开发
三色堇 EST-SSR 系统聚类
2019/6/5
为解决三色堇（Viola × wittrockiana）缺乏共显性DNA标记的问题，利用MISA软件对其转录组测序获得的167 576条unigene进行筛选，共检测出23 791个SSR位点，出现频率为14.20%，平均分布距离为6.75 kb。SSR位点中主导类型为三核苷酸重复，占总SSR的28.31%；其次是二核苷酸重复，占总SSR的12.86%。AG/CT与GAA/TTC分别是二核苷酸与三...
基于转录组测序的金柑类黄酮糖基转移酶基因的初步分析
金柑 类黄酮 糖基转移酶基因 转录组分析
2019/6/5
植物体内类黄酮通常以糖基化的形式存在，其糖基化由UDP–糖基转移酶（UDP- glycosyltransferase，UGT）催化完成。以‘浏阳金柑’果实为研究对象，利用UPLC G2-S QTOF技术对其类黄酮种类进行鉴定，共检测出11种类黄酮，包括C–葡萄糖苷类黄酮、C–新橙皮糖苷类黄酮和O–新橙皮糖苷类黄酮。基于转录组测序，筛选出49个金柑果实发育过程中高表达的UGT基因。进化分析显示，13...
基于转录组研究葡萄糖对葡萄试管苗碳代谢的影响
葡萄 转录组 葡萄糖 试管苗
2019/3/5
通过转录组测序探究不同浓度（0、1%、2%和4%）外源葡萄糖对‘红地球’葡萄试管苗糖代谢和光合作用的影响。结果表明，2%葡萄糖处理下试管苗生长最好，其次是4%和1%处理，不添加葡萄糖的生长最弱。4个浓度下测序共获得了21.53 Gb Clean Data，Q30碱基百分比在89.49%以上。各样品与参考基因组的比对效率在68.31% ~ 73.71%之间。单核苷酸多态性（Single Nucleo...
对高丛越橘品种‘布里吉塔’叶片转录组序列进行了简单重复序列（SSR）位点搜索和分析，发现了22 058个SSR位点，总发生频率为21.32%。SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高（77.70%），三核苷酸次之（21.45%）。选用53对SSR引物在8个越橘属植物中进行PCR扩增，筛选出15对条带清晰且能稳定扩增的SSR核心引物。使用核心引物对39份越橘属种质进行分析，有效等位基因数最大值为7.11...
人心果转录组De novo组装及奇可胶途径相关基因的分析
人心果 转录组 奇可胶
2018/8/1
为了探索人心果（Manilkara zapota L.）的转录组及奇可胶合成相关的基因，使用Illumina测序平台，对人心果果实、树皮和叶片分别进行转录组测序，使用Trinity等软件进行De novo组装和注释以及计算表达量，采用实时荧光定量PCR对转录组数据进行验证。经过组装得到162 455条unigene，总长度达139 792 553 nt，平均长度达861 nt，N50达1 544 ...
利用黄秋葵转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析
黄秋葵 转录组 SSR 多态性
2018/3/27
通过对黄秋葵（Hibiscus esculentus L.）转录组信息分析，共获得74 600条unigene，全部序列有52 976 011 bp；有3 191条unigene包含SSR的序列，从中鉴定出3 448个SSR位点，其中有235条序列包含1个以上SSR，复合SSR有123个。优势重复基序为三核苷酸和二核苷酸，分别占总SSR的60.79%和21.43%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为...
莲雾转录组SSR信息分析及其分子标记开发
莲雾 转录组 SSR 多态性
2018/3/27
对莲雾[Syzygium samarangense（Bl.）Merr. et Perry]开展转录组测序分析，共获得87 538条Unigene。利用MISA软件搜索1 kb以上的21 153条Unigene，共检测出11 641个SSR位点，分布于8 115条Unigene中，出现频率为55.03%，平均分布距离为4.08 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占总SSR的43....