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中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所季红斌研究组与刘新垣研究组用生物信息学新方法揭示miRNA在肿瘤细胞糖代谢中的重要功能及其调控机制
miRNA 肿瘤细胞 功能 机制
2012/7/11
2012年5月17日，国际学术期刊《Journal of Biological Chemistry》在线发表了生物化学与细胞生物学研究所季红斌研究组与刘新垣研究组合作的研究论文“miR-143 regulates cancer glycolysis via targeting hexokinase 2”。该论文揭示了miR-143通过靶向己糖激酶2(HK2)参与调控肿瘤细胞的糖代谢，并阐明了肿瘤细...
长春光机所期刊编辑部参加第二届国际生物电子与生物信息学会议
长春光机所 期刊编辑部 生物电子 生物信息
2011/11/29
2011年11月3日至5日，长春光机所期刊编辑部派代表参加了在苏州召开的第二届国际生物电子与生物信息学会议International Symposium on Bioelectronics and Bioinformatics (ISBB2011)，该领域多位国际知名科学家参会并做邀请报告。会议的主题之一是长春光机所与Nature出版集团合作出版的英文新刊的投稿范围，编辑部参加此会议，与各领域专家...
慈竹C3H基因克隆及其生物信息学分析
慈竹 C3H基因 克隆 生物信息学分析
2012/3/22
香豆酸-3-羟化酶(C3H)是调控植物木质素生物合成的关键酶，本文以慈竹为材料，利用RT-PCR技术克隆慈竹C3H基因，并对其进行生物信息学分析，为通过基因工程手段降低工业用竹木质素含量奠定基础。结果表明，该cDNA序列全长为1 581 bp，编码区为1 539 bp，编码512个氨基酸，蛋白分子量为58.33KD，等电点为9.09；氨基酸序列和结构分析显示C3H有一个保守区域，即P450结构域。...
2012年哈尔滨工业大学博士生入学考试生物信息学考试大纲
以茶树（Camellia sinensis）萌动芽为材料，根据茶树萌动芽芽抑制消减杂交文库中分离得到的肌动蛋白（actin）基因的5′-片段设计引物，利用3′-RACE技术克隆了其cDNA全长序列，该基因cDNA全长1 470 bp，命名为CsActin1（GenBank登录号HQ235647）。序列分析表明，CsActin1开放阅读框长1 134 bp，编码377个氨基酸，5′非编码区100 b...
线粒体基因atp6与多种植物细胞质雄性不育(CMS)关系密切。为探索atp6基因致烟草CMS的潜能,以2对烟草不育系和相应保持系为材料克隆atp6基因,测序结果显示不育系与保持系atp6基因间有6个碱基差异。进一步的生物信息学分析结果表明,6个碱基差异导致4个预测氨基酸残基差异及差异残基所处区域的亲/疏水性改变,不育系atp6基因预测蛋白在二级结构和结构域上均呈现出周期结构(主要为α-螺旋)增加而...
硒蛋白中的硒以硒代半胱氨酸(Sec)的形式存在. Sec 由传统的终止密码子TGA 编码. 由于在可读框中难以区分TGA密码子在硒蛋白中的功能, 硒蛋白基因的预测非常困难. 利用本实验室建立的真核生物硒蛋白基因预测系统, 从海豚基因组中识别了包括含2 个Sec 的2 型碘甲腺氨酸脱碘酶(DI2)、具有可变剪切编码区的1 型碘甲腺氨酸脱碘酶(DI1)及谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)、硒蛋白P(SelP...
硒蛋白中的硒以硒代半胱氨酸(Sec)的形式存在. Sec 由传统的终止密码子TGA 编码. 由于在可读框中难以区分TGA密码子在硒蛋白中的功能, 硒蛋白基因的预测非常困难. 利用本实验室建立的真核生物硒蛋白基因预测系统, 从海豚基因组中识别了包括含2 个Sec 的2 型碘甲腺氨酸脱碘酶(DI2)、具有可变剪切编码区的1 型碘甲腺氨酸脱碘酶(DI1)及谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)、硒蛋白P(SelP...
目的 预测与鉴定烟曲霉抗原Asp f16的HLA-A*0201限制性CD8+细胞毒性T细胞(CTL)抗原表位。方法 以国人常见的HLA-A*0201位点为靶点,依据生物信息学软件扫描烟曲霉特异性抗原Asp f16的全部427个氨基酸序列。使用HLA-A*0201转基因小鼠制备骨髓来源的树突状细胞(DC)和CTL。流式细胞仪技术检测DC表面MHC II类抗原,CD80,CD86和CD11c的表达来验...
隐花色素基因(cryptochrome gene,Cry)是已确认的主要生物钟基因之一,它广泛分布于细菌和真核生物中。昆虫Cry基因分为Cry1和Cry2两类,果蝇只有Cry1,蜜蜂等膜翅目昆虫只有Cry2。为了研究鳞翅目模式昆虫家蚕Bombxy mori的昼夜生物钟分子调控机制和昆虫CRY蛋白的进化,本研究克降了家蚕Bmcry1与Bmcry2基因的全长cDNA序列,长度分别为2 166 bp和2...
2010年9月11－12日，首届内蒙古自治区生物信息学研究生论坛在内蒙古大学举行。研究生论坛由内蒙古大学研究生工作部和研究生院主办，内蒙古大学物理科学与技术学院承办。生物信息学是综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。我校生物信息学研究和研究生教育已走过二十年的坚苦而辉煌的历程，现已培养...
随着高通量高分辨率组学技术的发展, 以基因组学、蛋白组学、代谢组学等为代表的海量生命组学数据随之大量产生, 相关的信息挖掘算法和系统生物学研究成了生物信息学发展的新热点. 一方面, 现代生命科学的发展已经越来越离不开信息科学的支撑, 需要信息科学领域的学者参与；另一方面, 现代生物科学, 特别是生命组学, 正在以前所未有的速度发展, 这能够给从事复杂系统的研究人员提供各种高维非结构化高噪声背景的海...
甲胎蛋白分子演化的生物信息学分析
甲胎蛋白 类白蛋白基因家族 生物信息学 进化
2009/11/19
甲胎蛋白（AFP）是类白蛋白家族成员蛋白之一，在生物个体发育以及肝癌发生发展中起重要作用. 为了研究AFP的系统发生，并以此探讨系统发育与个体发育的关系，运用生物信息学手段，分析了不同物种中类白蛋白家族成员的进化关系，并对各分子的白蛋白结构域进行了进化归类.同时，对不同物种的白蛋白（ALB）和AFP之间包含启动子、抑制子和增强子在内的约14?kb的核苷酸序列进行了比较分析. 研究从系统发育的角度阐...
XML在生物信息学中的应用
XML 生物信息 数据整合 应用
2009/11/12
［目的］阐明XML在生物信息学研究中的重要地位与作用。［方法］通过详细阐述XML的基本原理，系统地比较和分析XML与其他应用于生物数据管理的标记语言包括HTML、BSML、BioML等的利与弊，以期阐明XML作为一种数据语言在生物信息学中的重要作用。［结果］XML是一个很有前途的扩展性标准语言，是生物信息学数据库内部数据交换的重要枢纽。［结论］XML是用于生物信息学的各个领域中生物数据管理最有效的...